singularityware/docker2singularity

NOTICE: 迁移至Quay.io！

由于Docker Hub暂无法提供合适的部署权限，我们将不在此推送docker2singularity的新版本。请访问quay.io/singularity/docker2singularity获取容器及更新版本。

docker2singularity

如果您正在开发Docker镜像并希望在支持Singularity的HPC集群上运行，或在Mac/Windows上无便捷Linux环境，docker2singularity是生成Singularity镜像的最简方式。注意：即将发布的Singularity 2.3版本原生支持无需sudo从Docker导入，这是推荐方案，更多信息将在2.3版本文档中提供。

需求

• Docker（原生Linux、Docker for Mac或Docker for Windows）：用于创建Singularity镜像。
• Singularity >=2.1：用于运行Singularity镜像（不支持2.0及更早版本）。

用法

无需从本仓库下载任何内容！直接执行以下命令：

bash
docker run \
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /宿主路径/用于输出Singularity镜像:/output \
--privileged -t --rm \
singularityware/docker2singularity \
ubuntu:14.04

将/宿主路径/用于输出Singularity镜像替换为宿主文件系统中存储Singularity镜像的路径，ubuntu:14.04替换为您要转换的Docker镜像名（若本地不存在将从Docker Hub拉取）。

docker2singularity使用宿主系统的Docker守护进程，可访问宿主镜像缓存，避免重复下载已存在的镜像。

Docker镜像兼容Singularity的提示

• 使用ENV指令定义所有环境变量，不要依赖.bashrc、.profile等文件。
• 定义ENTRYPOINT指令指向您的流水线命令行界面。
• 不要定义CMD，仅依赖ENTRYPOINT。
• 可通过覆盖ENTRYPOINT交互式测试容器内软件：docker run -i -t --entrypoint /bin/bash bids/example。
• 不要依赖除home目录和/scratch外的写入权限，确保容器能以--read-only --tmpfs /run --tmpfs /tmp参数运行（模拟Singularity的只读行为）。
• 不要依赖高权限用户。
• 不要使用USER指令。

FAQ

"client is newer than server"错误

若出现此错误，需通过docker info查看Docker版本，并使用对应版本的docker2singularity。例如：

bash
docker run \        
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /宿主路径/用于输出Singularity镜像:/output \
--privileged -t --rm \
singularityware/docker2singularity:1.11 \            
ubuntu:14.04

目前仅支持1.10、1.11、1.12、1.13版本。若使用旧版Docker需升级。

集群/HPC要求Singularity镜像包含特定挂载点

若运行时出现WARNING: Non existant bind point (directory) in container: '/shared_fs'等错误，说明集群需要自定义挂载点。创建镜像时可指定所需挂载点：

bash
docker run \        
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /宿主路径/用于输出Singularity镜像:/output \
--privileged -t --rm \
singularityware/docker2singularity \            
-m "/shared_fs /custom_mountpoint2" \
ubuntu:14.04

致谢

本工作基于https://github.com/vsoch%E5%92%8Chttps://github.com/gmkurtzer%E7%9A%84%60docker2singularity%60%E6%88%90%E6%9E%9C%E3%80%82%E6%9C%AA%E6%9D%A5%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E4%BB%A3%E7%A0%81%E5%8F%AF%E8%83%BD%E5%90%88%E5%B9%B6%E5%88%B0Singularity%E4%B8%AD%EF%BC%8C%E4%BD%BF%E8%AF%A5%E5%AE%B9%E5%99%A8%E6%9B%B4%E7%B2%BE%E7%AE%80%EF%BC%81