sorgerlab/omero.cloudarchive

OMERO.cloudarchive镜像说明

镜像概述

OMERO.cloudarchive镜像用于在本地或云环境中搭建OMERO数据管理平台的基础设施，支持对归档数据的“水化”（恢复）和“脱水”（归档到对象存储）操作，帮助用户高效管理生物图像等数据。

核心功能

• 在本地或云环境中快速部署OMERO基础设施
• 水化已有的归档数据或初始化空的OMERO环境
• 支持数据加载、注释等常规OMERO操作
• 将OMERO实例中的数据脱水到S3对象存储
• 原地导入数据并保留原始文件结构

使用场景

• 本地部署OMERO平台进行数据管理与协作
• 在AWS云环境中搭建OMERO服务
• 原地导入数据以保留原始文件结构（适用于多用途数据归档）
• 将OMERO数据归档到S3存储以实现长期保存

配置说明

可通过编辑docker-compose.yml或手动运行容器来自定义配置，包括数据库参数、端口映射、数据目录挂载等。

部署示例

快速启动（本地）

bash
docker-compose up

手动运行容器

1. 启动PostgreSQL数据库：

bash
docker run \
  -d \
  --name postgres \
  -e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
  postgres:9.4

2. 启动OMERO master服务：

bash
docker run \
  -d \
  --name omero-master \
  --link postgres:db \
  -e CONFIG_omero_db_name=postgres \
  -e CONFIG_omero_db_pass=postgres \
  -e CONFIG_omero_db_user=postgres \
  -e CONFIG_omero_web_public_enabled=true \
  -e ROOTPASS=omero \
  -p 4063:4063 \
  -p 4064:4064 \
  dpwrussell/omero.cloudarchive

3. 启动OMERO web服务：

bash
docker run \
  -d \
  --name omero-web \
  --link omero-master:master \
  -e PUBLIC_GROUP=public-group \
  -p 8080:8080 \
  dpwrussell/omero-grid-web

原地导入数据

1. 启动OMERO master时挂载本地数据目录：

bash
docker run \
  -d \
  --name omero-master \
  --link postgres:db \
  -e CONFIG_omero_db_name=postgres \
  -e CONFIG_omero_db_pass=postgres \
  -e CONFIG_omero_db_user=postgres \
  -e CONFIG_omero_web_public_enabled=true \
  -p 4063:4063 \
  -p 4064:4064 \
  -v /TestData:/mnt/TestData \
  dpwrussell/omero.cloudarchive

2. 进入容器创建符号链接：

bash
docker exec -it --user omero omero-master /bin/bash
ln -s /mnt/TestData/project1 /OMERO/inplace

3. 执行原地导入：

bash
~/OMERO.server/bin/omero import -- --transfer=ln_s /OMERO/inplace/

脱水到S3存储

1. 创建S3桶（示例）：

bash
export BUCKETNAME="<你的桶名>"
aws s3api create-bucket --bucket ${BUCKETNAME} --acl public-read --region us-east-1
echo "{ \"Version\" : \"2012-10-17\", \"Statement\" : [ { \"Effect\" : \"Allow\", \"Principal\" : \"*\", \"Resource\" : [ \"arn:aws:s3:::${BUCKETNAME}/*\" ], \"Sid\" : \"PublicReadGetObject\", \"Action\" : [ \"s3:GetObject\" ] } ] }" > s3_public.json
aws s3api put-bucket-policy --bucket ${BUCKETNAME} --policy file://s3_public.json --region us-east-1

2. 运行脱水脚本：

bash
./dehydrate-docker.sh <容器ID> <S3桶名>