spashleyfu/ubuntu20_snakemake

spashleyfu/ubuntu20_snakemake 镜像文档

镜像概述和主要用途

该镜像基于Ubuntu 20.04系统，集成了Miniconda环境、Snakemake工作流管理工具及多种生物信息学分析工具。主要用于生物信息学领域的数据分析流程构建、自动化执行和工具集成，支持基因组数据处理、质量控制、数据同步等任务。

核心功能和特性

镜像标签及包含工具

• v1: 基础版本，包含Snakemake
• bamMetrics: 基于v1，增加bamMetrics工具，包含tabix 1.10.2-3、bgzip 1.10.2-3
• v2: 基于bamMetrics，增加rsync工具
• rsync: 包含Snakemake + rsync
• verifyBamID: 包含Snakemake + verifyBamID
• verifyBamID2: 包含Snakemake + verifyBamID2 v2.0.1
• plink: 包含Snakemake + plink v1.9
• plink2: 包含Snakemake + plink v2
• bcftools: 基于Snakemake_rsync，增加bcftools
• samtools: 基于Snakemake_rsync，增加samtools
• plotReads: 包含samtools + pip2 + matplotlib v1.5.3

基础环境组件

• Ubuntu 20.04
• Miniconda3（最新Linux x86_64版本）
• Python 3.9.5
• Snakemake 6.6.1
• 常用系统工具（wget、bzip2、build-essential、less、vim等）

使用场景和适用范围

• 生物信息学数据分析流程自动化（如基因组变异检测、表观遗传学分析）
• BAM文件质量控制与 metrics 计算
• 基因型数据处理（plink、plink2）
• 测序数据格式转换与处理（samtools、bcftools、tabix、bgzip）
• 数据分析结果同步与备份（rsync）
• 样本身份验证（verifyBamID、verifyBamID2）
• 测序数据可视化（plotReads，基于matplotlib）

使用方法和配置说明

基础使用方法

拉取镜像

bash
docker pull spashleyfu/ubuntu20_snakemake:<tag>

其中 <tag> 为上述标签之一（如plink、samtools、bamMetrics等）。

交互式运行

bash
docker run -it --rm spashleyfu/ubuntu20_snakemake:plink /bin/bash

进入容器后可直接使用集成工具，如查看plink版本：

bash
plink --version

运行特定工具命令

bash
# 示例：使用bamMetrics标签运行bgzip
docker run --rm spashleyfu/ubuntu20_snakemake:bamMetrics bgzip --version

# 示例：使用samtools标签处理BAM文件
docker run --rm -v /local/data:/data spashleyfu/ubuntu20_snakemake:samtools samtools view /data/input.bam

Docker Compose配置示例

创建 docker-compose.yml 文件：

yaml
version: '3'
services:
  snakemake-workflow:
    image: spashleyfu/ubuntu20_snakemake:v2
    volumes:
      - ./workflow:/workflow
      - ./data:/data
      - ./output:/output
    command: snakemake -s /workflow/Snakefile --cores 4

运行工作流：

bash
docker-compose up

环境变量说明

• LANG=C.UTF-8：设置语言编码
• LC_ALL=C.UTF-8：统一 locale 配置
• PATH=/opt/conda/bin:$PATH：将conda环境加入系统路径，确保工具可直接调用

构建示例（以plink标签为例）

Dockerfile内容：

dockerfile
FROM ubuntu:20.04

ENV LANG=C.UTF-8 LC_ALL=C.UTF-8
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
RUN apt-get update --fix-missing && \
  apt-get install -y wget bzip2 build-essential \
  less vim \
  ca-certificates git libglib2.0-0 libxext6 libsm6 \
  libxrender1 git mercurial subversion python3-dev && \
  apt-get clean -y

RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
  /bin/bash ~/miniconda.sh -b -p /opt/conda && \
  rm ~/miniconda.sh && \
  /opt/conda/bin/conda clean -tipsy && \
  ln -s /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh && \
  echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc && \
  echo "conda activate base" >> ~/.bashrc && \
  find /opt/conda/ -follow -type f -name '*.a' -delete && \
  find /opt/conda/ -follow -type f -name '*.js.map' -delete && \
  /opt/conda/bin/conda clean -afy

ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH

RUN conda update conda
RUN conda install -n base -c conda-forge mamba
RUN mamba install -n base -c conda-forge -c bioconda snakemake plink

构建命令：

bash
docker build -t spashleyfu/ubuntu20_snakemake:plink -f Dockerfile .