sswiston/rb_tp

镜像概述

本镜像为生物信息学研究提供综合环境，集成了多种系统发育分析工具、编程语言及相关依赖包，旨在简化系统发育推断、进化分析等研究工作的环境配置流程。

核心功能与特性

主要工具与环境

• RevBayes：系统发育分析工具，不同标签包含不同版本（如stochmap_tp_dirty_merge分支、hawaii_fix分支等）
• TensorPhylo：基于张量的系统发育推断工具，支持tree-inference分支等版本
• 编程语言环境：
  • R [4.2.3/4.0.4/3.5.2] 及相关 packages
  • Python [3.9.2/3.11.7/3.7.3] 及相关 packages
  • Julia [1.9.0/1.0.1] 及相关 packages
  • Java [openjdk 11.0.21/11.0.20/17.0.3]
• 其他工具：
  • BEAST2 [2.7.4]：贝叶斯进化分析工具
  • Beagle [4.0.0]：计算加速库
  • PhyloJunction：系统发育分析工具（main分支等版本）

附加文件

包含 dockerfile.txt（构建配置）、test.sh（测试脚本）、start.sh（启动脚本）。

版本标签说明

• LATEST: 对应标签7，包含RevBayes [stochmap_tp_dirty_merge 9a7fd33]、TensorPhylo [tree-inference 27cc447]、R 4.2.3、Python 3.9.2、Julia 1.9.0、Java openjdk 11.0.21、BEAST2 2.7.4、Beagle 4.0.0、PhyloJunction [main dfecbf3]
• TEST: 开发中版本，包含RevBayes [stochmap_tp_dirty_merge d82d710]等，组件版本与LATEST类似
• PJ: 专注PhyloJunction的版本，包含RevBayes [stochmap_tp_dirty_merge f38548e]、TensorPhylo [tree-inference dcebcbe]、Python 3.11.7、PhyloJunction [7acb8d7]
• 6: 包含RevBayes [hawaii_fix aebe810]、TensorPhylo [58e6966]、Java openjdk 11.0.20等
• 5: 类似标签6，RevBayes版本为[hawaii_fix c21ec64]
• 4: 包含RevBayes [hawaii_fix ca97318]、TensorPhylo [ae7c5ea]、R 4.0.4、Java 17.0.3
• 3: 包含RevBayes [development 4e4c8c1]、TensorPhylo [225228c]、Julia 1.0.1
• 2: 基础版本，包含RevBayes [dev_fig_features 43b3c2a]、TensorPhylo [4bddbf8]、R 4.0.4、Python 3.9.2
• 1: 早期版本，包含RevBayes [dev_mrm ce7075f]、TensorPhylo [4bddbf8]、R 3.5.2、Python 3.7.3

使用场景

• 系统发育树推断与分析
• 进化生物学研究中的统计建模
• 多语言生物信息学脚本开发与运行
• BEAST2等工具的加速计算（依赖Beagle）

使用方法

基本运行命令

拉取并运行最新版本（LATEST=7）：

bash
docker run -it --name phylo-env [镜像名称]:latest

指定特定标签（如PJ版本）：

bash
docker run -it --name pj-env [镜像名称]:PJ

执行测试脚本

容器内运行测试脚本验证环境：

bash
./test.sh

启动工具

直接在容器内调用所需工具，例如启动RevBayes：

bash
rb

启动Python：

bash
python

文件挂载

如需访问本地数据，可挂载主机目录：

bash
docker run -it -v /本地数据目录:/data [镜像名称]:latest