staphb/fastq-scan

StaPH-B Docker镜像仓库

镜像概述和主要用途

StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的docker-builds仓库包含构建多种生物信息学工具Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件。该仓库旨在提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并提供清晰的容器构建流程和使用说明，支持公共卫生领域的病原体基因组研究（如SARS-CoV-2病毒 surveillance）。

核心功能和特性

• 集中化镜像管理：整合多种生物信息学工具的Docker镜像，便于用户统一获取和使用。
• 双平台托管：镜像同时托管于Dockerhub（https://hub.docker.com/r/staphb/%EF%BC%89%E5%92%8CQuay.io%EF%BC%88https://quay.io/organization/staphb/%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E5%AE%9A%E6%9C%9F%E5%90%8C%E6%AD%A5%EF%BC%8C%E7%A1%AE%E4%BF%9D%E8%AE%BF%E9%97%AE%E7%A8%B3%E5%AE%9A%E6%80%A7%E3%80%82
• 无拉取限制：通过Docker“开源计划”认证，移除staphb镜像的拉取速率限制，避免因限制影响使用。
• Singularity兼容性：大多数容器可转换为Singularity格式，满足无法使用Docker的用户需求，转换和运行方法见用户指南。
• 完善文档支持：提供Docker容器使用和开发的用户指南（https://staph-b.github.io/docker-builds/%EF%BC%89%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%90%AB%E6%9C%80%E4%BD%B3%E5%AE%9E%E8%B7%B5%E5%92%8C%E8%AF%A6%E7%BB%86%E8%AF%B4%E6%98%8E%E3%80%82

使用场景和适用范围

适用于公共卫生实验室、生物信息学研究机构及相关领域人员，可用于基因组测序数据质量控制、序列比对、变异检测、进化树构建、病原体分型等多种生物信息学分析任务，尤其支持SARS-CoV-2等重要公共卫生病原体的基因组 surveillance。

使用方法和配置说明

镜像获取

从Dockerhub拉取

bash
docker pull staphb/[工具名称]:[版本标签]

示例：拉取FastQC 0.11.9版本

bash
docker pull staphb/fastqc:0.11.9

从Quay.io拉取

bash
docker pull quay.io/staphb/[工具名称]:[版本标签]

容器运行示例

以FastQC（测序数据质量控制工具）为例：

bash
# 将本地数据目录挂载到容器内/data目录，运行FastQC分析
docker run -v /本地数据路径:/data staphb/fastqc:0.11.9 fastqc /data/输入文件.fastq -o /data/输出目录

Singularity转换与使用

转换Docker镜像为Singularity格式

bash
singularity pull docker://staphb/[工具名称]:[版本标签]

运行Singularity容器

bash
singularity run [工具名称]-[版本标签].sif [工具命令及参数]

可用Docker镜像列表（部分）

注：完整镜像列表及版本信息可访问Dockerhub（https://hub.docker.com/r/staphb/%EF%BC%89%E6%88%96Quay.io%EF%BC%88https://quay.io/organization/staphb/%EF%BC%89%E6%9F%A5%E7%9C%8B%E3%80%82

贡献与反馈

• 贡献镜像：通过fork仓库、修改/添加镜像后提交pull request参与贡献，详情见https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/%E3%80%82
• 问题反馈：如遇镜像使用问题，可提交issue（https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%EF%BC%89%E3%80%82