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staphb/mash

staphb

StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具的Docker镜像，集中管理且易于访问，包含清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，方便公共卫生实验室成员开展基因组学分析。

3 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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StaPH-B Docker镜像仓库

概述

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。旨在提供一个集中化的Docker镜像资源库，确保用户易于访问，并包含容器构建及使用方法的清晰文档。

贡献方式

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
贡献详情参见此处

Docker用户指南

我们还编写了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
Docker用户指南

关于Singularity

对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已确保容器兼容Singularity，如发现不兼容情况，请提交issue告知！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
  • 2.14.4
https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019
  • 2.0.0
https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
  • 2.12.0
https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
  • 38.76
  • 38.86
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/
  • 1.10.2
  • 1.11
https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
  • 2.29.2
  • 2.30.0
[***]
https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
  • 0.7.17
https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu
  • 2.0
[***]
https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
  • 1.7.1（Canu）、1.3.1（Racon）、2.13（minimap2）
  • 1.9（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）
  • 1.9i（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）、(+racon_preprocess.py)
  • 2.0（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）
[]
https://github.com/lbcb-sci/racon
https://github.com/isovic/racon%EF%BC%88%E5%B7%B2%E5%BD%92%E6%A1%A3%EF%BC%89
[]
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
  • 1.0.0
https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
  • 0.1（无版本号）
https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
  • 2.0.2
https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
  • 1.5.6
https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
  • 1.2.4
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid
  • 0.1.4.3
https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
  • 1.0.0
https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
  • 0.0.1（无版本号）
https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
  • 1.1
  • 1.32
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
  • 2.1.11
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
  • 0.11.8
  • 0.11.9
[***]
https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
  • 0.2.0
https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/hmmer
  • 3.3
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
  • 1.6.7
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
  • 1.1
  • 1.1（+SARS-CoV2参考序列）
  • 1.2.1
  • 1.2.1（+SC2参考序列）
  • 1.2.2（+SC2参考序列和artic bed文件）
  • 1.3
  • 1.3.1
https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
  • 1.2.21
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1（无数据库）
https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
  • 2.0.8-beta（无数据库）
  • 2.0.8-beta（MiniKraken2_v1_8GB数据库）
  • 2.0.8-beta_hv（人类+病毒数据库）
  • 2.0.9-beta（无数据库）
  • 2.0.9-beta（Minikraken v2 RefSeq：细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库）
  • 2.1.0（无数据库）
  • 2.1.1（无数据库）
https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/

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staphb/pangolin

staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
3 次收藏100万+ 次下载
30 天前更新
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staphb/samtools

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基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
5 次收藏100万+ 次下载
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staphb
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
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3 个月前更新
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staphb
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
100万+ 次下载
8 个月前更新
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staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
2 次收藏100万+ 次下载
2 个月前更新
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staphb
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
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4 个月前更新

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