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staphb

StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具的Docker镜像，集中管理且易于访问，包含清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，方便公共卫生实验室成员开展基因组学分析。

3 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

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StaPH-B Docker镜像仓库

概述

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。旨在提供一个集中化的Docker镜像资源库，确保用户易于访问，并包含容器构建及使用方法的清晰文档。

贡献方式

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还编写了用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/

关于Singularity

对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。我们已确保容器兼容Singularity，如发现不兼容情况，请提交issue告知！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
  • 0.8.7
  • 0.8.13
  • 0.8.13s (+serotypefinder数据库)
  • 0.9.8
  • 1.0.0
https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
  • 2.14.4
https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019
  • 2.0.0
https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish
  • 1.1.0
https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur
  • 6.3.0
  • 7.0.2
  • 8.0.0
  • 9.0.0
https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
  • 2.12.0
https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
  • 38.76
  • 38.86
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/
  • 1.10.2
  • 1.11
https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
  • 2.29.2
  • 2.30.0
[***]
https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
  • 0.7.17
https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu
  • 2.0
[***]
https://github.com/marbl/canu
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
  • 1.7.1（Canu）、1.3.1（Racon）、2.13（minimap2）
  • 1.9（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）
  • 1.9i（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）、(+racon_preprocess.py)
  • 2.0（Canu）、1.4.3（Racon）、2.17（minimap2）
[***]
https://github.com/lbcb-sci/racon
https://github.com/isovic/racon%EF%BC%88%E5%B7%B2%E5%BD%92%E6%A1%A3%EF%BC%89
https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
  • 1.0.0
https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
  • 0.1（无版本号）
https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
  • 2.0.2
https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
  • 1.5.6
https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
  • 1.2.4
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/colorid
  • 0.1.4.3
https://github.com/hcdenbakker/colorid
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
  • 1.0.0
https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
  • 0.0.1（无版本号）
https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
  • 1.1
  • 1.32
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
  • 2.1.11
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
  • 0.11.8
  • 0.11.9
[***]
https://github.com/s-andrews/FastQC
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
  • 0.2.0
https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
  • 2.5
  • 2.7
  • 2.8
https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/hmmer
  • 3.3
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
  • 1.6.7
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
  • 1.1
  • 1.1（+SARS-CoV2参考序列）
  • 1.2.1
  • 1.2.1（+SC2参考序列）
  • 1.2.2（+SC2参考序列和artic bed文件）
  • 1.3
  • 1.3.1
https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
  • 1.2.21
[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
  • 1.0
  • 1.0.0_wslh_signed
  • 1.1.1
  • 1.1.1（无数据库）
https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
  • 2.0.8-beta（无数据库）
  • 2.0.8-beta（MiniKraken2_v1_8GB数据库）
  • 2.0.8-beta_hv（人类+病毒数据库）
  • 2.0.9-beta（无数据库）
  • 2.0.9-beta（Minikraken v2 RefSeq：细菌、古菌、病毒和人类8GB数据库）
  • 2.1.0（无数据库）
  • 2.1.1（无数据库）
https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 mash 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/mash:<标签>

使用方法：

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/mash:<标签>

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