热门搜索:

staphb/minimap2

staphb

一种用于基因组和剪接核苷酸序列的多功能成对比对器

6 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：9 个月前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

镜像标签列表与下载命令

StaPH-B Docker镜像仓库

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他各类文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并包含容器构建方式及使用方法的清晰文档。

贡献与反馈

若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请Fork本仓库，进行更改或添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎各类反馈！ https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们已创建用户指南，概述使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。 https://staph-b.github.io/docker-builds/

Singularity兼容性

对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Dockerhub下载镜像并通过Singularity运行。我们已确保容器兼容性，若发现不兼容情况，请提交issue告知。

镜像仓库与托管

所有Docker镜像托管于两个仓库，并定期同步：

Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
Quay.io - [***]

2020年11月起，Dockerhub实施镜像拉取速率限制（如***用户每6小时100次拉取）。我们已通过Docker"开源计划"申请，取消了所有staphb镜像的拉取限制。若遇到ERROR: toomanyrequests等拉取错误，请https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E3%80%82

特别感谢Docker对公共卫生生物信息学工具分发的支持，这在COVID-19大流行期间尤为重要，许多工具用于SARS-CoV-2及其他公共卫生关注病原体的基因组监测。

了解拉取限制及开源计划详情：Docker博客1、Docker博客2、Docker文档

注：以下表格未提供quay.io工具链接，访问quay.io/staphb查看完整镜像列表。

可用Docker镜像

软件	版本	链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/	0.8.7 0.8.13 0.8.13s (+serotypefinder db) 0.9.8 1.0.0	https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/any2fasta/	0.4.2	https://github.com/tseemann/any2fasta
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/	2.14.4	https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019	1.3.0	https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka	1.1.0	https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish	1.1.0	https://github.com/artic-network/artic-ncov2019
https://github.com/nextstrain/augur	6.3.0 7.0.2 8.0.0 9.0.0	https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice	2.12.0	https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/	38.76 38.86	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/	1.10.2 1.11 1.12 1.13 1.14	https://github.com/samtools/bcftools
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/	2.29.2 2.30.0	[***] https://github.com/arq5x/bedtools2
https://hub.docker.com/r/staphb/bowtie2/	2.4.4	[***] https://github.com/BenLangmead/bowtie2
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa	0.7.17	https://github.com/lh3/bwa

（注：完整镜像列表请访问Dockerhub或Quay.io仓库，以上为部分常用工具镜像。）

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 minimap2 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/minimap2:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/minimap2:<标签>

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式

Docker 配置

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

用 AI 使用轩辕镜像

发给 Cursor、ChatGPT、豆包等 AI 的说明文档

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

Harbor 镜像源配置

Harbor Proxy Repository 对接专属域名

Portainer 镜像源配置

Portainer Registries 加速拉取

Nexus 镜像源配置

Nexus3 Docker Proxy 内网缓存

系统配置

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

NAS 设备

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

网络设备

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

需要其他帮助？请查看我们的常见问题Docker 镜像访问常见问题解答或提交工单

镜像拉取常见问题

使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

docker search 限制

Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？

安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

轩辕镜像合规吗？轩辕镜像的合规是怎么做的？

镜像合规机制

轩辕镜像支持 docker push 上传本地镜像吗？

不支持 push

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

docker 无法连接轩辕镜像域名怎么办？

域名连通性排查

Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？

402 与流量用尽

Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？

401 认证失败

遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？

429 限流

docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？

D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

镜像拉取失败还会不会扣流量？

失败是否计费

麒麟 V10 / 统信 UOS 提示 KYSEC 权限不够怎么办？

KYSEC 拦截脚本

如何在轩辕镜像申请开具发票？

申请开票

怎么修改轩辕镜像的网站登录和仓库登录密码？

修改登录密码

如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

注销账户

配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

mirrors 不生效

怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

为什么拉取镜像的 :latest 标签，拿到的往往不是「最新」镜像？

latest 与「最新」

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"

热门搜索:

staphb/minimap2

staphb

一种用于基因组和剪接核苷酸序列的多功能成对比对器

6 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：9 个月前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

镜像标签列表与下载命令