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StaPH-B Docker镜像仓库
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他各类文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供集中化的Docker镜像资源，方便用户访问，并包含容器构建方式及使用方法的清晰文档。
贡献与反馈
若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请Fork本仓库，进行更改或添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题，请提交issue。我们欢迎各类反馈！ 贡献详情
Docker用户指南
我们已创建用户指南，概述使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。 Docker用户指南
Singularity兼容性
对于无法使用Docker的用户，Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容，可轻松转换格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Dockerhub下载镜像并通过Singularity运行。我们已确保容器兼容性，若发现不兼容情况，请提交issue告知。
镜像仓库与托管
所有Docker镜像托管于两个仓库，并定期同步：
- Dockerhub - [***]
- Quay.io - [***]
2020年11月起，Dockerhub实施镜像拉取速率限制（如***用户每6小时100次拉取）。我们已通过Docker"开源计划"申请，取消了所有staphb镜像的拉取限制。若遇到ERROR: toomanyrequests等拉取错误，请提交issue。
特别感谢Docker对公共卫生生物信息学工具分发的支持，这在COVID-19大流行期间尤为重要，许多工具用于SARS-CoV-2及其他公共卫生关注病原体的基因组监测。
了解拉取限制及开源计划详情：Docker博客1、Docker博客2、Docker文档
注：以下表格未提供quay.io工具链接，访问quay.io/staphb查看完整镜像列表。
可用Docker镜像
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| ABRicate ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| any2fasta ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| ARIBA ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019 ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019-medaka ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| artic-ncov2019-nanopolish ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Augur ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| Auspice ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| BBTools ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| bcftools ![docker pulls]([***] |
| [***] |
| bedtools ![docker pulls]([***] |
| [] [] |
| bowtie2 ![docker pulls]([***] |
| [] [] |
| BWA ![docker pulls]([***] |
| [***] |
（注：完整镜像列表请访问Dockerhub或Quay.io仓库，以上为部分常用工具镜像。）
staphb/pangolin
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
31M+ pulls
上次更新：30 天前
staphb/samtools
by State Public Health Bioinformatics Community
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
41M+ pulls
上次更新：4 个月前
staphb/ivar
by State Public Health Bioinformatics Community
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
1M+ pulls
上次更新：3 个月前
staphb/bcftools
by State Public Health Bioinformatics Community
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
191M+ pulls
上次更新：6 个月前
staphb/vadr
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
21M+ pulls
上次更新：1 个月前
staphb/kraken2
by State Public Health Bioinformatics Community
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
5500K+ pulls
上次更新：4 个月前
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker加速体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"
常见问题
Q1:轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
Q2:轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
Q3:流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
Q4:410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
Q5:manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
Q6:镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
轩辕镜像下载加速使用手册
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Linux
在 Linux 系统配置镜像加速服务
Windows/Mac
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宝塔面板
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极空间
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