staphb/minimap2本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他各类文件,这些程序供StaPH-B(州公共卫生实验室生物信息学)联盟成员使用。其目的是提供集中化的Docker镜像资源,方便用户访问,并包含容器构建方式及使用方法的清晰文档。
若您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像,请Fork本仓库,进行更改或添加后提交拉取请求。如遇现有镜像问题,请提交issue。我们欢迎各类反馈! 贡献详情
我们已创建用户指南,概述使用和开发Docker容器的方法与最佳实践。 Docker用户指南
对于无法使用Docker的用户,Singularity是替代方案。大多数Docker容器与Singularity兼容,可轻松转换格式。请参阅上述用户指南,了解如何从Dockerhub下载镜像并通过Singularity运行。我们已确保容器兼容性,若发现不兼容情况,请提交issue告知。
所有Docker镜像托管于两个仓库,并定期同步:
2020年11月起,Dockerhub实施镜像拉取速率限制(如***用户每6小时100次拉取)。我们已通过Docker"开源计划"申请,取消了所有staphb镜像的拉取限制。若遇到ERROR: toomanyrequests等拉取错误,请提交issue。
特别感谢Docker对公共卫生生物信息学工具分发的支持,这在COVID-19大流行期间尤为重要,许多工具用于SARS-CoV-2及其他公共卫生关注病原体的基因组监测。
了解拉取限制及开源计划详情:Docker博客1、Docker博客2、Docker文档
注:以下表格未提供quay.io工具链接,访问quay.io/staphb查看完整镜像列表。
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| ABRicate 


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manifest unknown
no matching manifest(架构)
invalid tar header(解压)
TLS 证书失败
DNS 超时
410 Gone 排查
402 与流量用尽
401 认证失败
429 限流
D-Bus 凭证提示
413 与超大单层
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