stevetsa/geneexpressionaging

GeneExpressionAging 基因表达可视化工具

概述

本工具旨在利用Web技术构建模块化的基因表达查看器，适用于大规模复杂生物实验数据。它结合Django（后端服务与API）和Polymer（前端组件化），实现高性能、易用性和一致性，帮助用户快速访问和分析基因数据。

核心功能

• 模块化设计：基于Web组件的前端架构，支持功能灵活扩展。
• 低门槛使用：无深厚生物信息学背景的用户也能快速上手，满足实验室数据可视化需求。
• 数据兼容性：支持自定义CSV格式的基因计数数据和元数据导入。
• API接口：提供REST API，支持程序化访问和分析数据。
• 多维度可视化：支持基因表达的时间序列、组织分布等多维度展示。

使用场景

• 实验室研究人员：快速可视化自身实验的基因表达数据，探索数据趋势。
• 生物学家：无需编程即可分析基因数据，获取关键实验结论。
• 教学场景：用于基因表达数据分析的教学演示与实践。

配置与使用说明

环境依赖

• Python 3.x
• npm包管理工具

Django后端部署

1. 激活虚拟环境并安装依赖：

   bash
   mkvirtualenv -p $(which python3) GeneExpressionAging
   workon GeneExpressionAging
   pip install -r requirements.txt
   

2. 准备示例数据：

   bash
   cd data && mkdir norm_data && cd norm_data && cp ../norm_data.zip . && unzip norm_data.zip && cd ../../
   

3. 启动服务器：

   bash
   cd webapp && python manage.py runserver
   

   访问地址：http://127.0.0.1:8000/index.html 或 http://127.0.0.1:8000/genvis/ideogram

Polymer前端构建

1. 安装前端依赖：

   bash
   cd webcomponents
   npm install bower polymer-cli
   ./node_modules/bower/bin/bower install
   

2. 构建并测试前端：

   bash
   ./node_modules/.bin/polymer build
   ./node_modules/.bin/polymer serve
   

数据集格式要求

• 计数文件：首列为基因ID，后续列为样本归一化计数，首行需包含样本名称。
• 元数据文件：首列为样本名称，后续列记录样本属性（如年龄、组织类型、重复次数等）。

Docker快速部署

拉取镜像后，运行以下命令启动服务：

bash
docker run -d -p 8000:8000 stevetsa/geneexpressionaging

访问 http://localhost:8000/index.html 即可使用工具。