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Stereo-seq Analysis Workflow (SAW) 镜像文档

镜像概述

Stereo-seq Analysis Workflow (SAW) 是由STOmics Tech开发的软件套件，专为Stereo-seq（空间转录组）技术设计，提供完整的数据分析工作流，帮助研究人员高效处理和解析Stereo-seq实验数据。

核心功能与特性

• 集成Stereo-seq数据处理的关键步骤，包括原始数据质控、基因表达定量、空间定位分析等
• 支持标准化的数据分析流程，确保结果的可重复性
• 内置常用的空间转录组数据分析算法和工具

使用场景与适用范围

适用于采用Stereo-seq技术开展空间转录组研究的科研人员，可应用于：

• 基础生物学研究（如发育生物学、神经生物学）
• 医学研究（如肿瘤微环境分析、疾病机制研究）
• 空间基因表达模式解析和功能注释

使用方法

基本使用流程

1. 拉取镜像

bash
docker pull stomics/saw:latest

2. 运行容器

bash
docker run -it --rm -v /path/to/data:/data stomics/saw:latest

说明：/path/to/data 为本地数据目录，映射到容器内的/data目录，用于数据输入和输出

配置说明

目前详细配置参数请参考STOmics Tech官方文档，容器启动后可通过以下命令查看帮助信息：

bash
saw --help

注意事项

• 确保本地环境已安装Docker并具备足够的计算资源（建议至少16GB内存）
• 数据需符合Stereo-seq实验的标准格式要求
• 更多高级功能和详细参数请查阅官方技术文档或联系STOmics Tech技术支持