sudosk/sig-bio-shiny

sig-bio-shiny

https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg]([***] https://img.shields.io/github/v/release/sk-sahu/sig-bio-shiny](https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny/releases) https://travis-ci.org/sk-sahu/sig-bio-shiny.svg?branch=master](https://travis-ci.org/sk-sahu/sig-bio-shiny) https://circleci.com/gh/sk-sahu/sig-bio-shiny.svg?style=svg](https://circleci.com/gh/sk-sahu/sig-bio-shiny) https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny/workflows/R-CMD-check/badge.svg](https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny/actions?workflow=R-CMD-check) https://img.shields.io/docker/cloud/build/sudosk/sig-bio-shiny](https://hub.docker.com/repository/docker/sudosk/sig-bio-shiny/builds)

一个用于基因集探索和显著生物学分析的交互式应用套件/界面。

注意：以上是SigBio-v0.2.1的屏幕录制（由于项目快速迭代，您下载的最新版本可能与录制内容有所不同）。

目录

• 概述
• 核心功能
  • 待办事项
• 免责声明
• 安装
  • 要求
• 运行应用
• Shiny-Server部署
  • 使用Docker镜像
• 贡献
  • 开发者说明
  • 行为准则

概述

本应用的主要目的是为基因集探索提供便捷的界面，无需担心获取生物数据库或转换特定R对象以适配现有R/Bioconductor包的输入格式。

基因表达数据下游分析的结果通常是一组基因（如聚类基因列表、上下调基因）。为了解这些基因在特定背景（基因本体或通路）下的生物学意义，存在多种统计分析方法（如基因集富集、过度表达分析）。虽然已有许多优秀的Bioconductor包，但有时入门门槛较高（主要因输入类型限制），且对非模型生物的支持更具挑战性。

sig-bio-shiny旨在解决这些问题，完全基于R和Bioconductor开发，无需手动导入数据库，仅通过单个R脚本即可简化部署。它充分利用AnnotationHub包获取所选生物的最新注释，并使用多种知名包进行统计分析。

核心功能

• 通过http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html%E6%94%AF%E6%8C%81%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%8E%E9%9D%9E%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E7%94%9F%E7%89%A9
• 自动转换R对象以适配特定包/函数/模块的输入格式
• 模块功能：
  • 基因映射注释
  • 基因本体（GO）富集分析
  • KEGG通路富集分析

待办事项

• 可复现代码生成（#25）
• 报告生成功能
• 支持DESeq2结果对象作为输入

免责声明

sig-bio-shiny应用及SigBio R包是开源项目，遵循https://opensource.org/licenses/MIT%E3%80%82%E6%9C%AC%E5%BA%94%E7%94%A8%E9%83%A8%E5%88%86%E4%BB%BB%E5%8A%A1%E4%BD%BF%E7%94%A8KEGG%E6%95%B0%E6%8D%AE%EF%BC%8C%E5%AD%A6%E6%9C%AF%E7%94%A8%E9%80%94%E5%85%8D%E8%B4%B9%EF%BC%8C%E4%BD%86%E5%85%B6%E4%BB%96%E7%94%A8%E9%80%94%E5%8F%AF%E8%83%BD%E9%9C%80%E8%A6%81%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E5%8D%8F%E8%AE%AE%EF%BC%88%E8%AF%A6%E6%83%85%E8%A7%81KEGG%E5%AE%98%E7%BD%91%EF%BC%89%E3%80%82%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%9C%AC%E5%BA%94%E7%94%A8%E5%8D%B3%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E6%82%A8%E5%90%8C%E6%84%8F%E9%81%B5%E5%AE%88%E5%90%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%E7%9A%84%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E6%9D%A1%E6%AC%BE%EF%BC%8C%E5%BC%80%E5%8F%91%E8%80%85%E4%B8%8D%E5%AF%B9%E4%BB%BB%E4%BD%95***%E9%97%AE%E9%A2%98%E8%B4%9F%E8%B4%A3%E3%80%82

安装

要求

R >= 3.5

在R控制台执行：

r
if (!require(remotes)) { install.packages("remotes") }
remotes::install_github("sk-sahu/sig-bio-shiny")

运行应用

在浏览器中启动应用：

r
SigBio::runApp()

Shiny-Server部署

首先需安装SigBio包，它包含应用所需的所有API功能。

从shiny-server的特定应用目录使用wget下载app.R文件：

bash
wget https://raw.githubusercontent.com/sk-sahu/sig-bio-shiny/master/inst/app/app.R -O sig-bio-shiny-app.R

首次运行时将自动下载并安装所有依赖项。

使用Docker镜像

bash
docker pull sudosk/sig-bio-shiny:latest
docker run --user shiny --rm -p 80:3838 sudosk/sig-bio-shiny:latest

在浏览器中访问[***]

贡献

首先感谢您对本项目的兴趣 :)

若您想修复/报告bug或添加额外模块，请遵循以下开发者说明，这将帮助我们保持项目结构的一致性。

开发者说明

R
options(repos = BiocManager::repositories()) 

行为准则

请注意，SigBio项目发布时附带http://sk-sahu.github.io/sig-bio-shiny/CODE_OF_CONDUCT.html%E3%80%82%E5%8F%82%E4%B8%8E%E6%9C%AC%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E5%8D%B3%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E6%82%A8%E5%90%8C%E6%84%8F%E9%81%B5%E5%AE%88%E5%85%B6%E6%9D%A1%E6%AC%BE%E3%80%82