sushilbt/interactive_cellranger-5

sushilbt/interactive_cellranger-5镜像说明

镜像概述

本镜像整合了Jupyter Lab和cellranger-5工具，为科研人员提供了一个交互式环境，用于10X单细胞RNA测序数据的分析。用户可通过Docker快速部署，无需手动配置依赖，支持多种操作系统（Ubuntu、Windows、Mac）。

核心功能

1. 提供Jupyter Lab交互界面，方便编写和执行分析脚本
2. 内置cellranger-5工具，支持单细胞RNA测序数据的计数、比对等核心分析
3. 支持下载和使用10X Genomics官方参考基因组
4. 可通过挂载本地目录实现数据共享，便于处理用户自有fastq数据

使用场景

• 科研人员对10X单细胞RNA测序数据进行标准化分析
• 教学场景中演示单细胞数据分析流程
• 快速验证cellranger工具的分析结果

配置说明

前提条件

需先安装Docker：

• Windows/Mac用户：下载https://www.docker.com/products/docker-desktop并安装
• Linux用户：参考https://docs.docker.com/linux/step_one/

部署方式

方式1：直接拉取并运行镜像

1. 拉取镜像：

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/sushilbt/interactive_cellranger-5:latest

2. 进入数据目录（存放fastq文件的目录），运行镜像：

bash
docker run --rm -p 8888:8888 -v "$PWD":/home/workspace docker.xuanyuan.run/sushilbt/interactive_cellranger-5:latest

3. 复制终端输出的HTTP链接，在浏览器中打开
4. 在Jupyter Lab左侧面板点击Cellranger.ipnyb开始分析

方式2：通过GitHub源码构建镜像

1. 下载GitHub仓库：git clone https://github.com/KumarUCD/Cellranger-5.git
2. 进入仓库目录，构建镜像：

bash
docker build -t interactive_cellranger-5:latest .

3. 运行镜像（同方式1步骤2-4）

方式3：直接从GitHub构建镜像

无需下载仓库，直接构建：

bash
docker build https://github.com/KumarUCD/Cellranger-5.git#main -t interactive_cellranger-5:latest

运行镜像（同方式1步骤2-4）

Jupyter Lab分析示例

下载人类参考基因组

bash
%%bash
wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

解压参考基因组

bash
%%bash
tar -xzvf refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
rm refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

运行cellranger count分析

bash
%%bash
cellranger count --id=tinygex \
                 --transcriptome=/home/workspace/refdata-gex-GRCh38-2020-A \
                 --fastqs=/home/workspace/data \
                 --sample=tinygex  \
                 --expect-cells=5000 \
                 --localcores=4 \
                 --localmem=48

查看分析结果

python
from IPython.display import FileLinks
FileLinks(('tinygex/outs'), included_suffixes=['.html'])

点击输出中的web_summary.html可查看详细分析报告。