swiftbiosci/sarscov2analysis
swiftbiosci
Swift Sarscov2和S基因扩增子分析镜像，用于通过run_swift_sarscov2_docker.sh管道处理fastq文件，生成包含对齐率、覆盖均匀性等指标的Excel报告及多种分析结果。
1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：swiftbiosci仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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Swift Sarscov2和S基因扩增子分析镜像
镜像概述和主要用途
该Docker镜像由Swift Biosciences提供，用于通过run_swift_sarscov2_docker.sh管道对Sarscov2病毒的全基因组或S基因（含Ace2）扩增子进行分析。通过配合指定的主文件（masterfile），可处理fastq格式的测序数据，生成多种标准化的分析结果和报告。
核心功能和特性
- 多类型分析支持：可用于全Sarscov2基因组分析或S基因（含Ace2）面板分析
- 丰富输出结果：生成以下结构化输出：
- Excel报告：包含所有样本的详细指标（如Sarscov2对齐读段百分比、覆盖均匀性、二聚体百分比）及每个样本的扩增子覆盖度工作表
- vcf文件夹：存放GATK HaplotypeCaller生成的变异调用文件
- nextclade文件夹：包含每个样本的nextclade ID
- consensus文件夹：存放bcftools生成的每个样本的一致性序列
- plots文件夹：包含每个样本的扩增子覆盖度图
- bam文件夹：存放可用于IGV等比对查看器的bam文件及索引文件（bai）
使用场景和适用范围
适用于需要对Sarscov2病毒测序数据进行标准化分析的场景，包括但不限于：
- 病毒基因组变异检测
- 扩增子覆盖度评估
- 样本序列一致性分析
- 科研或临床检测中的病毒基因组特征研究
使用方法和配置说明
环境准备
- 确保工作目录中包含：
- 待分析的fastq格式测序文件
- 对应的主文件（masterfile.txt），用于指定分析参数和样本信息
获取主文件
主文件（适用于全Sarscov2基因组或S基因分析）需联系Swift Biosciences获取：
- ：
- 电话：734 330 2568
运行命令
在包含fastq文件和主文件的目录中，执行以下命令启动分析管道：
bashrun_swift_sarscov2_docker.sh -v <masterfile.txt>
其中，<masterfile.txt>替换为实际的主文件路径。
输出说明
分析完成后，工作目录将生成以下文件夹，包含各类结果文件：
Excel报告：综合指标与样本详情vcf/：变异调用结果nextclade/：样本分类信息consensus/：一致性序列plots/：可视化覆盖度数据bam/：比对结果文件（支持可视化查看）
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull docker.xuanyuan.run/swiftbiosci/sarscov2analysis:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull swiftbiosci/sarscov2analysis:<标签>
镜像拉取常见问题
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Linux服务器
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