teambraker/braker3 Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

BRAKER3 Docker镜像文档

镜像概述

BRAKER3是一款基因组注释软件套件，本Docker镜像包含BRAKER3及其所有依赖项，适用于通过Docker或Singularity运行基因组注释任务。该镜像同时支持构建Singularity镜像，方便在高性能计算环境中使用。更多关于BRAKER的信息可访问GitHub仓库。

核心功能与特性

• 集成完整的BRAKER3软件套件，支持BRAKER1、BRAKER2、BRAKER3三种注释模式
• 包含所有依赖项，无需额外安装配置
• 支持Docker和Singularity两种容器化运行方式
• 内置JupyterLab环境，可渲染BRAKER workshop的JupyterNotebooks
• 提供测试脚本，便于验证容器功能

使用场景

• 基因组注释：适用于各类物种的基因组结构注释任务
• 科研分析：支持BRAKER1/2/3的标准化流程运行
• 教学培训：通过JupyterNotebooks进行BRAKER使用培训
• 高性能计算环境：可转换为Singularity镜像在集群中部署

使用方法

Docker使用

运行容器shell

bash
sudo docker run --user 1000:100 --rm -it teambraker/braker3:latest bash

渲染JupyterNotebooks

bash
sudo docker run --rm -it -u 1000:0 -p 8888:8888 teambraker/braker3:latest

Singularity使用

构建Singularity镜像

bash
singularity build braker3.sif docker://teambraker/braker3:latest

执行BRAKER

bash
singularity exec braker3.sif braker.pl

测试脚本使用

1. 复制测试脚本到主机：

bash
singularity exec -B $PWD:$PWD braker3.sif cp /opt/BRAKER/example/singularity-tests/test1.sh .
singularity exec -B $PWD:$PWD braker3.sif cp /opt/BRAKER/example/singularity-tests/test2.sh .
singularity exec -B $PWD:$PWD braker3.sif cp /opt/BRAKER/example/singularity-tests/test3.sh .

2. 设置环境变量：

bash
export BRAKER_SIF=/your/path/to/braker3.sif

3. 执行测试：

bash
bash test1.sh  # 测试BRAKER1
bash test2.sh  # 测试BRAKER2
bash test3.sh  # 测试BRAKER3

注意事项

• 容器不包含BRAKER2和BRAKER3所需的OrthoDB分区文件，需从[***]
• Singularity默认挂载用户主目录，GeneMark-ETP许可证密钥需放置在用户主目录中
• 使用-B $PWD:$PWD选项可挂载当前工作目录，替代默认的主目录挂载

软件包含清单

核心软件

• BRAKER：Artistic License 1.0（/opt/BRAKER/LICENSE.txt）
• GeneMark-ETP v.0.0.1：Creative Commons Attribution NonCommercial ShareAlike 4.0许可证（/opt/ETP+/license.txt）
• TSEBRA：Artistic License 2.0（[***]
• MakeHub：GNU General Public License v3.0（/opt/MakeHub/LICENSE）
• HISAT2：GNU General Public License v3.0（/opt/hisat2/LICENSE）
• StringTie2 v.2.2.1：Artistic License 2.0（/opt/stringtie-2.2.1.Linux_x86_64/LICENSE）
• GffRead：MIT License（/opt/gffread/LICENSE）
• DIAMOND v2.0.15：GNU General Public License v3.0（/opt/diamond/LICENSE）
• Seqstats：MIT License（/opt/seqstats/LICENSE）
• CDB fasta tools：Artistic License 2.0（[***]
• sratoolkit：Public Domain（[***]
• UCSC Tools：UC Regents License（[***]

系统与依赖

• Ubuntu 22.04 (jammy)：详见Ubuntu***条款
• Ubuntu包：bzip2、ca-certificates、fonts-liberation、locales、pandoc、tini、wget、htop、openssh-client、vim、rsync、git、nano-tiny、tzdata、unzip、vim-tiny、less、texlive-xetex、texlive-fonts-recommended、texlive-plain-generic、build-essential、cm-super、dvipng、ffmpeg、time、man-db、g++、zlib1g-dev、augustus、augustus-data、augustus-doc、libyaml-perl、libhash-merge-perl、libparallel-forkmanager-perl等
• Micromamba：BSD 3-Clause License（[***]
• Conda/mamba包：nbresuse、jupyter-starters、biopython
• Jupyter labextensions：jupyterlab-topbar-extension、jupyterlab-system-monitor

作者与联系方式

• Docker镜像：由Greifswald大学的Stefan Kemnitz和Katharina Hoff创建
• BRAKER3：由Lars Gabriel、Tomas Bruna、Simone Lange、Alexandre Lomsadze、Katharina Hoff、Mario Stanke和Mark Borodovsky共同开发

容器相关问题请联系：***