teichlab/tracer

TraCeR镜像说明

镜像概述

TraCeR是一款从单细胞RNA-seq数据中重建重排和表达的T细胞受体（TCR）基因序列的工具，可通过TCR序列识别来源于同一克隆扩增细胞的群体。该Docker镜像封装了TraCeR及其相关依赖，方便用户快速部署和使用。

核心功能

1. 从单细胞RNA-seq数据中重建TCR序列（支持α、β、γ、δ等位点）；
2. 识别克隆扩增的T细胞群体；
3. 生成克隆型网络可视化结果；
4. 支持小鼠（Mmus）和人类（Hsap）数据，可扩展至其他物种；
5. 提供表达定量（Kallisto/Salmon）和结果过滤功能。

使用场景

• 单细胞RNA-seq数据分析中研究T细胞克隆动态；
• 感染、肿瘤等场景下T细胞群体的克隆扩增研究；
• 免疫治疗响应中T细胞受体的特征分析。

配置说明

TraCeR依赖配置文件指定工具路径、资源目录、物种信息等。镜像中包含示例配置文件，用户可根据需求修改：

1. 工具路径：在[tool_locations]部分指定Bowtie2、Trinity、IgBLAST等工具的路径；
2. 物种资源：在[base_transcriptomes]和[salmon_base_indices]/[kallisto_base_indices]部分指定对应物种的转录组和索引路径；
3. Trinity选项：设置Jellyfish内存限制、版本等参数。

Docker部署示例

测试镜像

bash
docker run -v /path/to/local/test_data:/test_data teichlab/tracer tracer test -p 4 -c /test_data/tracer.conf

运行Assemble模式（重建TCR序列）

bash
docker run -v /path/to/local/data:/data teichlab/tracer tracer assemble -p 8 -c /data/tracer.conf /data/reads_1.fastq /data/reads_2.fastq cell1 /data/output

运行Summarise模式（生成克隆型分析结果）

bash
docker run -v /path/to/local/output:/output teichlab/tracer tracer summarise -p 4 -c /output/tracer.conf /output

注意：用户需将本地数据目录和配置文件挂载到容器内对应路径，确保工具可访问所需资源。