terraref/traitvis-webapp

镜像概述

本镜像为TERRA-REF项目的traitvis Shiny web应用，用于可视化BETYdb数据库中的农业性状数据，帮助用户直观分析实验数据趋势与分布。

核心功能

• 展示不同季节的时间序列箱线图、折线图和热图
• 提供所选性状的详细描述及测量方法说明
• 指导用户下载相关实验数据

使用场景

• 农业科研人员分析作物性状数据的时间变化趋势
• 实验团队可视化不同地块/站点的性状数据分布
• 研究人员共享实验数据的可视化结果

配置说明

克隆仓库

sh
git clone https://github.com/terraref/traitvis-webapp.git
cd traitvis-webapp

数据库连接

需连接BETYdb数据库，通过以下命令创建本地实例：

sh
docker-compose -p bety up -d postgres
# 忽略初始化过程中的错误
docker run -ti --rm --network bety_bety -e BETY_INITIALIZE_URL='-w https://terraref.ncsa.illinois.edu/bety/dump/bety0/bety.tar.gz' pecan/bety:develop initialize
docker run -ti --rm --network bety_bety -e REMOTE_SERVERS=6 pecan/bety:terra sync

注：docker-compose.override.yml中5433:5432映射本地端口5433到容器Postgres端口，可修改端口并更新bety_port环境变量。

R包安装

安装依赖的R包：

r
install.packages(c('shiny', 'shinythemes', 'scales', 'lubridate', 'dplyr', 'ggplot2', 'timevis', 'rgeos', 'leaflet', 'cronR', 'stringr', 'kableExtra', 'raster', 'mapview', 'leafem', 'sf'))

下载图片缩略图

通过Globus获取RGB全视野图片缩略图（需权限）：

1. 注册terraref.org/beta账号
2. 将Globus发送至获取权限
3. 安装Globus Connect Personal并注册设备
4. 传输/ua-mac/Level_2/rgb_fullfield/_thumbs/到本地~/data/terraref/sites/ua-mac/Level_2/rgb_fullfield/_thumbs

运行应用

设置数据库环境变量并生成缓存：

r
Sys.setenv(bety_host = 'localhost')
Sys.setenv(bety_port = '5433')
source('cache-refresh.R')

启动应用：

r
shiny::runApp()

Docker部署示例

sh
git clone https://github.com/terraref/traitvis-webapp
cd traitvis-webapp

docker build -t shiny-traits .
# 浏览器访问localhost:3838
docker run --rm -t -i -p 3838:3838 shiny-traits

# 连接TERRA REF数据库（bety6）
docker run --rm -t -i -e bety_host=bety6 -p 3838:3838 shiny-traits

# 进入容器bash（开发测试用）
docker run --rm -t -i shiny-traits /bin/bash

注：shiny-server.conf用于增加超时时间，避免BETYdb加载缓慢导致初始化错误。