thesmiao/atlas

ATLAS-Docker

概述

ATLAS-Docker是https://bitbucket.org/WegmannLab/atlas%EF%BC%88%E4%BD%8E%E8%A6%86%E7%9B%96%E5%BA%A6%E5%92%8C%E5%8F%A4%E4%BB%A3%E6%A0%B7%E6%9C%AC%E5%88%86%E6%9E%90%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%89%E7%9A%84Docker%E9%95%9C%E5%83%8F%E3%80%82ATLAS%E7%94%B1Daniel Wegmann实验室开发，拥有高度动态的开发团队和快速的开发周期。该镜像旨在解决本地HPC环境中运行ATLAS最新代码时可能遇到的依赖和配置问题，通过拉取ATLAS的最新代码、构建所有依赖并编译代码，提供开箱即用的运行环境。

核心功能与特性

• 集成最新代码：自动拉取ATLAS Bitbucket仓库的最新代码，确保使用最新功能
• 预构建依赖：包含所有ATLAS运行所需的依赖项，无需手动配置
• 跨平台支持：可通过Docker在Mac、Windows和Linux系统运行，也支持HPC环境下的Singularity容器
• 简化部署：无需复杂的本地环境配置，直接通过容器化方式运行ATLAS

使用场景与适用范围

• 需要运行ATLAS进行低覆盖度或古代样本分析的科研人员
• 在本地HPC环境中无管理员权限，无法直接安装ATLAS依赖的用户
• 希望快速部署和使用最新版本ATLAS的场景
• 跨平台（Mac、Windows、Linux）运行ATLAS的需求

使用方法与配置说明

Docker运行

在Mac、Windows或Linux系统中，可通过Docker直接运行ATLAS容器：

bash
docker run --mount type=bind,source=`pwd`,target=/Data docker.xuanyuan.run/thesmiao/atlas:beta1 atlas task=recalBAM verbose

说明：
--mount type=bind,source=pwd,target=/Data 将当前工作目录挂载到容器内的/Data目录，确保输入数据可被容器访问。task=recalBAM为ATLAS的具体任务示例，可根据需求替换为其他任务（如task=callVariants等）。

Singularity运行（HPC环境）

在无管理员权限的HPC环境中，可使用http://singularity.lbl.gov%E8%BF%90%E8%A1%8CATLAS%EF%BC%9A

bash
singularity exec -B `pwd` docker://thesmiao/atlas atlas task=recalBAM

注意：
确保HPC上的Singularity允许绑定指定目录。若绑定失败，请联系管理员修改Singularity配置以允许目录绑定。

ATLAS文档

有关ATLAS各模块的详细使用方法，请参考项目Wiki：https://bitbucket.org/wegmannlab/atlas/wiki/Home

作者：Yassine Souilmi <***>