tomkellygenetics/universc
tomkellygenetics
UniverSC的Docker容器，提供灵活的跨平台单细胞数据处理管道，支持多种UMI技术，实现不同平台数据的一致整合、比较和评估。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：tomkellygenetics仓库类型：镜像最近更新：2 年前
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UniverSC Docker镜像文档
镜像概述
UniverSC是一个通用的单细胞数据处理工具，支持任何基于UMI（唯一分子标识符）的单细胞测序平台。本Docker镜像包含运行UniverSC所需的全部依赖环境，无需手动配置Cell Ranger等工具，适用于初学者、本地计算机（Mac/Windows）及服务器环境，实现跨平台单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的一致处理、整合与比较。
核心功能与特性
多技术支持
预设配置支持多种单细胞技术，包括但不限于：
- 10x Genomics（v2/v3，自动检测UMI长度）
- DropSeq/Nadia（12bp barcode，8bp UMI）
- ICELL8（v2无UMI/v3含14bp UMI）
- inDrops（v1/v2/v3，不同barcode和UMI长度）
- Smart-Seq（2无UMI/3含8bp UMI）
- 其他：CEL-Seq2、SCI-Seq、SPLiT-Seq等（完整列表见下文）
技术兼容性
- UMI与非UMI支持：自动识别UMI技术，对非UMI技术（如Smart-Seq2、ICELL8 v2）提供模拟UMI计数
- 索引处理：支持单索引（STRT-Seq）和双索引（Fluidigm C1、inDrops v3）技术，自动提取索引序列
- 自定义配置：支持自定义barcode和UMI长度（格式：
custom_<barcode长度>_<UMI长度>）及自定义barcode白名单
标准化流程
统一处理不同平台数据，输出格式兼容下游分析工具，便于跨技术比较和整合。
支持的技术预设配置
| 技术类型 | 别名/版本 | Barcode长度 | UMI长度 | 说明 |
|---|---|---|---|---|
| 10x Genomics | 10x, chromium | 16 bp | 10/12 bp | 自动检测v2（10bp UMI）/v3（12bp UMI） |
| DropSeq/Nadia | dropseq, nadia | 12 bp | 8 bp | 支持DropSeq和Nadia平台 |
| ICELL8 v3 | icell8 | 11 bp | 14 bp | ICELL8第3代技术 |
| inDrops v3 | indrops-v3 | 16 bp | 6 bp | 1cellbio inDrops第3代 |
| Smart-Seq3 | smartseq3 | 16 bp | 8 bp | 含UMI的Smart-Seq技术 |
完整预设配置列表可通过容器内执行launch_universc.sh --list-technologies查看。
使用场景
- 单细胞RNA测序数据（FASTQ格式）的标准化处理
- 多平台（如10x Genomics与DropSeq）单细胞数据的整合与比较分析
- 生物信息学初学者或非Linux环境用户快速运行单细胞数据处理流程
- 需要统一分析流程的实验室或多中心研究项目
使用方法
前提条件
- 安装https://docs.docker.com/desktop/%EF%BC%88%E6%94%AF%E6%8C%81Mac/Windows/Linux%EF%BC%89
- 准备单细胞测序FASTQ文件（可压缩为.gz格式）
- （可选）参考基因组索引文件（如需定量分析，可提前下载或通过容器内工具生成）
拉取镜像
bash# 拉取最新版本 docker pull docker.xuanyuan.run/tomkellygenetics/universc:latest # 或指定版本（如1.1.3） docker pull docker.xuanyuan.run/tomkellygenetics/universc:1.1.3
基本运行示例
挂载本地数据目录（/path/to/local/data）至容器内/data目录，处理10x Genomics v3数据：
bashdocker run -v /path/to/local/data:/data docker.xuanyuan.run/tomkellygenetics/universc:latest \ bash -c "launch_universc.sh \ --technology 10x-v3 \ --fastq /data/fastq \ # 输入FASTQ文件目录（容器内路径） --output /data/output \ # 输出结果目录（容器内路径） --sample-name my_sample \ # 样本名称 --reference /data/ref_genome" # 参考基因组索引路径（可选）
关键参数说明
| 参数 | 描述 |
|---|---|
--technology | 指定单细胞技术（如10x-v3、dropseq、custom_16_10） |
--fastq | FASTQ文件所在目录（支持多lane文件，容器内路径） |
--output | 结果输出目录（容器内路径，需挂载本地目录以保存结果） |
--sample-name | 样本名称（用于结果文件命名） |
--reference | 参考基因组索引路径（如Cell Ranger兼容的索引，用于定量分析） |
--non-umi | 强制使用非UMI模式（用于非UMI技术或整合分析，不推荐默认使用） |
--help | 查看完整参数说明 |
双索引数据处理示例
对于inDrops v3等双索引技术，需先使用bcl2fastq生成包含I1/I2索引的FASTQ文件，再运行：
bashdocker run -v /path/to/data:/data docker.xuanyuan.run/tomkellygenetics/universc:latest \ bash -c "launch_universc.sh \ --technology indrops-v3 \ --fastq /data/fastq \ # 包含R1、R2、I1、I2文件 --output /data/indrops_output \ --sample-name indrops_sample"
注意事项
- 数据挂载：必须通过
-v参数挂载本地目录，否则容器内生成的结果无法保存到本地 - 参考基因组：如需定量分析，需提前准备Cell Ranger兼容的参考基因组索引（可从10x Genomics官网下载）
- 技术选择：确保
--technology参数与实验所用技术匹配，错误选择可能导致数据处理异常 - 性能建议：单细胞数据处理需较高计算资源，建议在Docker设置中分配足够的CPU和内存（推荐8核以上CPU，16GB以上内存）
维护与支持
- 镜像版本：最新稳定版为1.1.3，可通过标签指定（如
:1.1.3） - 问题反馈：如遇技术问题或需新增支持的单细胞技术，请在https://github.com/minoda-lab/universc/issues%E6%8F%90%E4%BA%A4issue
- 引用说明：使用本镜像时，请引用相关文献：Battenberg et al., Nat Commun, 2022 (https://doi.org/10.1038/s41467-022-34681-z)
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull tomkellygenetics/universc:<标签>
镜像拉取常见问题
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