umigs/hmp-qc-dada2
umigs
该Docker镜像使用DADA2 R包对高通量16S扩增子数据进行质量控制（QC）并推断精确的扩增子序列变体（ASVs）。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：umigs仓库类型：镜像最近更新：5 年前
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umigs/hmp-qc-dada2镜像说明
镜像概述
本容器基于https://benjjneb.github.io/dada2/tutorial.html%EF%BC%8C%E7%94%A8%E4%BA%8E%E5%AF%B9%E9%AB%98%E9%80%9A%E9%87%8F16S%E6%89%A9%E5%A2%9E%E5%AD%90%E6%95%B0%E6%8D%AE%E6%89%A7%E8%A1%8C%E8%B4%A8%E9%87%8F%E6%8E%A7%E5%88%B6%EF%BC%88QC%EF%BC%89%E5%B9%B6%E6%8E%A8%E6%96%AD%E7%B2%BE%E7%A1%AE%E7%9A%84%E6%89%A9%E5%A2%9E%E5%AD%90%E5%BA%8F%E5%88%97%E5%8F%98%E4%BD%93%EF%BC%88ASVs%EF%BC%89%E3%80%82
核心功能
- 对16S扩增子测序数据进行质量过滤
- 推断样本中的精确扩增子序列变体（ASVs）
- 生成ASV丰度表及分类学注释结果
- 输出包含统计信息的结果文件（txt和json格式）
使用场景
适用于微生物组研究领域，帮助研究人员分析16S rRNA基因扩增子数据，获取样本中的微生物群落组成信息。
配置说明
前提条件
安装Docker
运行本容器需先安装Docker：
- https://docs.docker.com/windows/started
- https://docs.docker.com/docker-for-mac/install/
- https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/
验证Docker是否安装：
bashdocker -v
配置AWS CLI（可选）
若需将输出文件上传至AWS S3桶，需配置AWS CLI（需Access Key和Secret Access Key），参考https://docs.aws.amazon.com/cli/latest/userguide/cli-chap-configure.html%E3%80%82%E9%85%8D%E7%BD%AE%E5%AE%8C%E6%88%90%E5%90%8E%EF%BC%8C%E7%94%A8%E6%88%B7%E4%B8%BB%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%BC%9A%E7%94%9F%E6%88%90%60.aws%60%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%A4%B9%EF%BC%8C%E5%8C%85%E5%90%AB%60config%60%E5%92%8C%60credentials%60%E6%96%87%E4%BB%B6%E3%80%82
资源要求
- 内存：300MB
- 磁盘空间：20GB
使用方法
拉取镜像
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/umigs/hmp-qc-dada2:latest
运行容器
参数说明
-
输入选项：
-s, --srs_id：SRA的SRR ID（直接下载原始数据）-i, --input_prefix：本地输入文件前缀-v /本地路径:/input：映射本地输入目录到容器/input
-
测序布局：
-l paired：双端数据-l single：单端数据
-
平台类型：
-p 454：454平台-p illumina：Illumina平台
-
输出选项：
-b /S3路径/：输出到S3桶（需映射AWS credentials）-v /本地路径:/output：输出到本地目录
示例运行
- 下载Illumina双端数据并输出到S3桶：
bashdocker run -t \ -v $HOME/.aws/credentials:/root/.aws/credentials:ro \ docker.xuanyuan.run/umigs/hmp-qc-dada2 \ -s SRR6704301 \ -l paired \ -p illumina \ -b path/to/s3_bucket/
- 下载454单端数据并输出到本地：
bashdocker run -t \ -v $HOME/docker_output:/output \ docker.xuanyuan.run/umigs/hmp-qc-dada2 \ -s SRR6704301 \ -l single \ -p 454
输出文件
- QC过滤后的序列文件
- ASV丰度表（记录各样本ASV出现次数）
- 分类学注释结果
- 统计摘要（含MD5值及错误信息）
致谢
引用文献：
Callahan, B., et al. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 13, 581–583 (2016). https://doi.org/10.1038/nmeth.3869
本容器基于https://github.com/h3abionet/16S-rDNA-dada2-pipeline%E6%9E%84%E5%BB%BA%E3%80%82
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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DockerHub 原生拉取命令
docker pull umigs/hmp-qc-dada2:<标签>
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功能
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Linux服务器
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