ummidock/chewbbaca Docker 镜像 - 轩辕镜像

chewBBACA Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

chewBBACA是一个用于创建和评估核心基因组（cgMLST）及全基因组（wgMLST）多位点序列分型方案与结果的软件套件。"BBACA"代表"BSR-Based Allele Calling Algorithm"（基于BLAST得分比的等位基因调用算法），"chew"可理解为"Comprehensive and Highly Efficient Workflow"（全面高效的工作流程）。该Docker镜像封装了chewBBACA软件，提供标准化运行环境，便于快速部署和使用其核心功能，包括细菌基因座定义、等位基因分型、核心基因组计算及结果可视化分析。

核心功能和特性

• cg/wgMLST方案创建：基于多个高质量基因组数据集定义目标基因座，支持物种或谱系特异性方案构建。
• 高效等位基因分型：采用BSR算法实现细菌菌株的等位基因调用，可扩展至数千个基因组，计算资源需求适中。
• 方案注释与核心基因组分析：自动注释方案基因座功能，计算给定数据集的核心基因组基因座集。
• 交互式结果报告：生成方案评估和分型结果的交互式报告，支持直观分析菌株谱系关系，适用于监测和疫情检测场景。
• 兼容性：支持从Chewie-NS下载预定义方案，或适配其他cg/wgMLST平台的方案文件。

使用场景和适用范围

• 细菌分型研究：临床、环境或食品源细菌分离株的高精度分型。
• 疫情监测与溯源：通过等位基因谱系分析追踪菌株传播路径。
• 群体遗传学分析：研究细菌种群结构、遗传多样性及进化关系。
• 微生物 surveillance：长期监测特定细菌物种的流行趋势和遗传变异。

使用方法和配置说明

基本使用命令

假设Docker镜像名称为chewbbaca，基本运行格式如下（需挂载本地数据目录至容器内/data路径）：

bash
docker run --rm -v /本地数据路径:/data chewbbaca <chewBBACA命令> [参数]

常用命令示例

1. 查看软件版本：

   bash
   docker run --rm chewbbaca chewBBACA.py --version
   

2. 创建新wgMLST方案（需挂载包含参考基因组的目录）：

   bash
   docker run --rm -v /path/to/reference_genomes:/data chewbbaca chewBBACA.py CreateSchema -i /data -o /data/new_schema
   

3. 执行等位基因分型（需挂载输入基因组和方案目录）：

   bash
   docker run --rm -v /path/to/input_genomes:/data -v /path/to/schema:/schema chewbbaca chewBBACA.py AlleleCall -i /data -s /schema -o /data/allele_results
   

详细配置说明

完整命令参数及高级配置请参考chewBBACA官方文档：[***]

版本更新

3.3.9 - 2024-07-16

• 修复BLAST将序列ID误判为PDB链ID的解析问题。
• 修复基因预测对部分输入返回无CDS时的计数错误。

更多版本更新详情见CHANGELOG。

引用信息

使用本镜像时，请引用以下文献：

Silva M, Machado MP, Silva DN, Rossi M, Moran-Gilad J, Santos S, Ramirez M, Carriço JA. 2018. chewBBACA: A complete suite for gene-by-gene schema creation and strain identification. Microb Genom 4:000166. doi:10.1099/mgen.0.000166