unidata/nctests

unidata/nctests

该镜像的Dockerfile及其他信息可通过交互式运行镜像或访问对应GitHub仓库获取：http://github.com/Unidata/docker-nctests

概述

此Docker镜像用于对Unidata netCDF包进行spot-tests（快速测试），可测试远程或本地代码仓库。运行容器时，将从Unidata GitHub站点检出并构建测试以下包：

• netcdf-c
• netcdf-fortran
• netcdf-cxx4
• netcdf4-python
• NetCDF Operators (NCO)

每个包会被构建并测试，以此验证netcdf-c的变更是否会影响其依赖包（如netcdf-fortran和netcdf-cxx4）。

NetCDF Operators (NCO)

来自NCO官网：

NCO工具包用于处理和分析存储在netCDF可访问格式（包括DAP、HDF4和HDF5）中的数据。它利用许多CF（气候与 forecast）元数据约定的地球物理表达能力、UDUnits转换的物理维度灵活描述、OPeNDAP的网络透明性、HDF（分层数据格式）的存储特性（如压缩、分块、组）以及GSL（GNU科学库）的许多强大数学和统计算法。NCO快速、强大且免费。

NCO集成增加了额外的回归测试能力。

指定netcdf-c的替代分支

可使用以下语法为netcdf-c指定非master的替代分支：

bash
$ docker run -e CBRANCH="分支名称" unidata/nctests:serial

使用本地副本而非从GitHub拉取

可通过将本地git目录挂载到Docker镜像文件系统根目录，使用本地目录替代GitHub拉取：

bash
$ docker run -v $(pwd)/netcdf-c:/netcdf-c unidata/nctests:serial

容器运行时会检查/netcdf-c、/netcdf-fortran、/netcdf-cxx4和/netcdf4-python是否存在。若存在，将从这些本地目录克隆而非从GitHub拉取。

注意：由于是从"本地"目录克隆，需确保本地目录已处于要分析的分支。若需在CDash仪表板正确标记构建，仍需设置相应环境变量。

环境变量

以下环境变量可用于控制运行时行为：

基础控制

• CMD - 运行替代命令，可选值：help
• USEDASH - 设置为非TRUE值以禁用远程仪表板

分支指定

• CBRANCH - netcdf-c的Git分支
• FBRANCH - netcdf-fortran的Git分支
• CXXBRANCH - netcdf-cxx4的Git分支
• PBRANCH - netcdf4-python的Git分支
• NCOBRANCH - NCO的Git分支，默认：4.5.3

CMake构建选项

• COPTS - netcdf-c的CMake选项
• FOPTS - netcdf-fortran的CMake选项
• CXXOPTS - netcdf-cxx4的CMake选项

Autoconf构建选项

• AC_COPTS - netcdf-c的Autoconf选项
• AC_FOPTS - netcdf-fortran的Autoconf选项
• AC_CXXOPTS - netcdf-cxx4的Autoconf选项

测试控制

• RUNF - 设置为OFF、FALSE或非TRUE值，禁用netcdf-fortran测试
• RUNCXX - 设置为OFF、FALSE或非TRUE值，禁用netcdf-cxx4测试
• RUNP - 设置为OFF、FALSE或非TRUE值，禁用netcdf4-python测试
• RUNNCO - 设置为OFF、FALSE或非TRUE值，禁用NCO测试

重复构建次数

• CREPS - 默认1，netcdf-c构建和测试的重复次数
• FREPS - 默认1，netcdf-fortran构建和测试的重复次数
• CXXREPS - 默认1，netcdf-cxx4构建和测试的重复次数
• PREPS - 默认1，netcdf4-python构建和测试的重复次数
• NCOREPS - 默认1，NCO构建和测试的重复次数

构建系统控制

• USECMAKE - 默认TRUE，设为TRUE时运行CMake构建
• USEAC - 默认FALSE，设为TRUE时运行源码内Autoconf构建

注意：USECMAKE和USEAC可同时使用，结合CREPS等循环控制选项，可验证不同构建系统是否相互干扰。

使用示例

示例重要说明

以下示例假设在命令行中操作，且位于netcdf-c根目录，$(pwd)解析为/netcdf/directory的根路径。

以下命令行选项将重复使用，在此统一说明（完整Docker命令行参数说明见[***]

• --rm：容器退出后清理镜像
• -it：以交互式shell运行，支持ctrl-c终止容器
• -v：将本地卷挂载到Docker镜像
• -e：设置环境变量

显示帮助文件

显示镜像帮助文件：

bash
$ docker run --rm -it -e CMD=help unidata/nctests:serial

交互式运行容器

进入容器shell（退出后更改不保留）：

bash
$ docker run --rm -it unidata/nctests:serial bash

运行所有测试（标准用例）

bash
$ docker run --rm -it unidata/nctests:serial

针对特定分支运行所有测试

bash
$ docker run --rm -it -e CBRANCH=working unidata/nctests:serial

通过传递CMake变量关闭DAP测试

bash
$ docker run --rm -it -e COPTS="-DENABLE_DAP=OFF" unidata/nctests:serial

运行所有测试但禁用远程仪表板

bash
$ docker run --rm -it -e USEDASH=OFF unidata/nctests:serial

使用本地netcdf-c仓库而非GitHub拉取

注意：此方式下不会在容器内切换分支，需确保本地仓库已处于要分析的分支。

bash
$ docker run --rm -it -v $(pwd):/netcdf-c unidata/nctests:serial

使用本地副本并禁用Fortran、C++测试及远程仪表板

bash
$ docker run --rm -it -v $(pwd):/netcdf-c -e USEDASH=OFF -e RUNF=OFF -e RUNCXX=OFF unidata/nctests:serial

使用Autotools而非CMake运行NetCDF-C测试，并重复构建两次

bash
# docker run --rm -it -e USECMAKE=OFF -e USEAC=TRUE -e CREPS=2 unidata/nctests:serial

运行非串行测试

要在不同环境运行上述示例，可将nctests:serial替换为nctests:openmpi、nctests:mpich、nctests:serial32等。