vacation/facets

镜像概述

本镜像封装了Facets工具，该工具由R Shen和VE Seshan开发，用于从肿瘤/正常组织的高通量DNA测序数据中进行等位基因特异性拷贝数和克隆异质性分析，并计算肿瘤纯度。请注意：此镜像是基于原工具的fork版本创建，镜像创建者并非Facets包的原作者。引用时请参考文献：Shen R, Seshan VE. FACETS: allele-specific copy number and clonal heterogeneity analysis tool for high-throughput DNA sequencing. Nucleic Acids Res. 2016 Sep 19;44(16):e131. doi: 10.1093/nar/gkw520.

核心功能

1. 计算肿瘤样本的纯度
2. 分析等位基因特异性拷贝数变化
3. 评估肿瘤克隆异质性
4. 从测序数据中提取联合片段信息并进行预处理

使用场景

• 肿瘤基因组学研究：分析肿瘤样本的拷贝数变异及克隆结构
• 癌症精准***：辅助肿瘤亚型分类及治疗方案选择
• 高通量测序数据处理：对肿瘤/正常配对样本进行生物信息学分析

配置说明

依赖安装

使用前需安装依赖包pctGCdata：

R
devtools::install_github("mskcc/pctGCdata")

工具安装

在R环境中安装Facets：

R
devtools::install_github("mskcc/facets", build_vignettes = TRUE)

使用步骤

1. 读取SNP矩阵数据：

R
rcmat <- readSnpMatrix(filename, ...)

2. 预处理样本数据：

R
xx <- preProcSample(rcmat, ...)

3. 处理样本（指定cval参数）：

R
oo <- procSample(xx, cval = 300)

4. 进行克隆拷贝数分析：

R
emcncf(oo)

Docker部署示例

运行镜像进入R环境：

bash
docker run -it vacation/facets R

在R环境中执行上述配置及使用步骤即可开始分析。