vdbwrair/ngs_mapper

ngs_mapper镜像说明

镜像概述

ngs_mapper是一个针对下一代测序（NGS）数据的映射管道工具，旨在帮助用户高效处理和分析测序数据。该镜像通过容器化方式打包，确保环境一致性，方便用户快速部署和使用。

核心功能

• 支持单样本测序数据的映射处理
• 提供Docker容器化运行方式，简化环境配置
• 支持挂载本地数据目录与参考文件，灵活处理自定义数据

使用场景

• 生物信息学研究中的测序数据处理
• 实验室或科研机构的NGS数据分析工作流
• 需要快速部署NGS映射工具的场景

配置说明

使用该镜像时，需通过Docker挂载本地数据目录和输出目录，确保容器能访问所需的测序数据、参考文件及输出结果。

Docker部署示例

克隆仓库（可选，用于测试）

首先克隆ngs_mapper仓库获取测试数据：

bash
git clone https://github.com/VDBWRAIR/ngs_mapper.git

运行测试样本

创建输出目录并运行Docker容器：

bash
mkdir -p output
docker run -it -v $PWD/output:/output -v $PWD/ngs_mapper/tests/fixtures/functional:/NGSDATA vdbwrair/ngs_mapper:latest runsample /NGSDATA/947 /NGSDATA/947.ref.fasta -od /output/947 947

参数说明：

• -v $PWD/output:/output：挂载本地输出目录到容器内的/output
• -v $PWD/ngs_mapper/tests/fixtures/functional:/NGSDATA：挂载测试数据目录到容器内的/NGSDATA
• runsample：运行样本处理命令
• /NGSDATA/947：容器内的样本数据路径
• /NGSDATA/947.ref.fasta：容器内的参考文件路径
• -od /output/947：指定输出目录为容器内的/output/947
• 947：样本名称

运行自定义数据

若使用自定义数据，需调整挂载路径：

bash
mkdir -p output
docker run -it -v $PWD/output:/output -v /path/to/your/data:/NGSDATA -v /path/to/your/reference:/references vdbwrair/ngs_mapper:latest runsample /NGSDATA/your_sample /references/your_ref.fasta -od /output/your_sample your_sample

说明：

• /path/to/your/data：本地自定义数据目录
• /path/to/your/reference：本地参考文件目录
• 替换命令中的样本名称和路径为实际值即可。