wishartlab/phastest-docker Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

PHASTEST Docker集群

这是一个多容器PHASTEST集群。Compose文件创建命名卷，用于持久化存储MySQL数据文件以及Slurm状态和日志目录。多容器PHASTEST处理查询的速度比单容器选项更快，但资源消耗也更高。

使用前，请从[***]

容器与卷

Compose文件将运行以下容器：

• mysql
• slurmdbd
• phastest（slurmctld）
• c1-8（slurmd）

Compose文件将创建以下命名卷：

• etc_munge （映射到 /etc/munge ）
• etc_slurm （映射到 /etc/slurm ）
• slurm_jobdir （映射到 /data ）
• var_lib_mysql （映射到 /var/lib/mysql ）
• var_log_slurm （映射到 /var/log/slurm ）

构建Docker镜像

wishartlab/phastest-docker镜像可通过Docker Desktop应用拉取，或通过以下命令拉取：

console
docker pull wishartlab/phastest-docker

或者，在包含Dockerfile的目录中，可通过以下命令本地构建镜像：

console
docker build -t wishartlab/phastest-docker .

构建Docker镜像可能需要20-30分钟，在M1 MacBook上可能需要长达1小时。因此，建议使用Docker Hub上的可用镜像。

启动集群

镜像构建完成后，使用docker compose run命令启动容器并立即开始处理查询：

console
docker compose run phastest -i {genbank|fasta|contig} -a {登录号} -m {注释模式} -s {序列文件名} [选项]...

确认消息后，phastest容器将开始运行。输出将存储在/phastest-app-docker/JOBS/{job_id}目录中。

参数说明

console
-i {genbank|fasta|contig}
    指定输入格式。接受的值为'fasta'、'genbank'或'contig'。
    若选择'genbank'，必须提供-a标志和登录号。
    若选择'fasta'或'contig'，必须提供-s标志和序列文件名。

-a {登录号}
    指定作业的登录号。例如，NC_000907.1、KF030445.1、LZPG00000000.1。
    对于WGS序列，应提供主记录的登录号。

-m {lite|deep}
    指定注释模式。接受的值为'deep'或'lite'。
    若未指定此标志，默认使用'lite'。
    'deep'模式使用Prophage数据库和PHAST-BSD细菌数据库。
    'lite'模式使用Prophage数据库和Swissprot。
    （注意：'deep'模式可能需要显著更长的完成时间。）

-s {序列文件名}
    原始FASTA序列的路径 - 仅当输入类型设置为'fasta'或'contig'时解析。
    具有指定文件名的序列必须存在于`/phastest_inputs`文件夹中。
    例如，要运行`test.fna`作业，需将`test.fna`放入`/phastest_inputs`，
    并使用如下命令运行：`docker compose run phastest -i fasta -s test.fna ...`。

选项：
--yes:
    跳过运行PHASTEST作业前的确认消息。

--silent:
    静音PHASTEST终端输出。

--phage-only:
    仅注释预测的噬菌体区域。默认情况下，会扫描并注释整个基因组。

--single-diamond:
    仅对非噬菌体蛋白比对运行单次diamond blastp，而非多进程并行运行。
    推荐用于处理能力有限的系统。

运行FASTA/Contig序列作业

要对FASTA/contig序列运行作业，目标序列必须存放于/phastest-docker/phastest_inputs目录中。

运行PHASTEST作业时，请确保输入类型设置为fasta或contig，并在命令中提供包含扩展名（.fna或.fasta）的完整文件名。

console
docker compose run phastest -i fasta -s seq_test.fna

docker compose run phastest -i contig -s contig_test.fna

运行GenBank记录作业

若输入类型设置为genbank并提供登录号，PHASTEST将自动下载具有指定登录号的记录并扫描噬菌体区域。

console
docker compose run phastest -i genbank -a KF030445.1

docker compose run phastest -i genbank -a LZPG00000000.1

获取已完成作业

所有已完成的作业将存储在/phastest-docker/phastest-app-docker/JOBS/{job_id}目录中。job_id为序列文件的基名（对于FASTA或contig输入）或登录号（对于genbank输入）。

停止与重启集群

可执行docker compose stop命令停止所有容器。停止的容器将在后续docker compose run命令时重启。

在PHASTEST作业运行期间，可随时发送SIGINT（Ctrl+C）终止当前作业。所有计划的slurm作业也将终止，phastest容器将自动退出。

删除集群

PHASTEST进程终止后，需要手动删除已停止的容器。要删除所有容器和卷，请运行：

console
docker compose stop
docker container prune

或

console
docker compose down

若要使PHASTEST进程在作业终止后自动停止所有容器，可将docker-entrypoint.sh文件的64-78行替换为以下代码片段，并使用docker build -t phastest-docker .命令重新构建镜像：

console
    # 容器启动后，子节点将持续运行，直到用户手动停止容器。
    # 快捷方便，但如果在slurm作业完成前通过SIGINT（Ctrl+C）终止phastest容器，可能导致调度问题。
    # exec /usr/sbin/slurmd -Dvvv

    # 主phastest容器停止后，所有子节点也将停止。
    # 防止slurmctld在子节点仍运行时中断导致的调度问题。
    exec /usr/sbin/slurmd -Dvvv & 

    while true
    do
        if [[ ! $(scontrol ping | grep "UP") ]]; then
            echo "---> Slurm节点守护进程（slurmd）已不再活动。退出..."
            exit 0
        fi
    done

若PHASTEST容器通过Ctrl+C终止，强烈建议使用docker compose down删除集群，然后通过docker compose run重新创建容器。

删除集群

要删除所有容器和卷，运行：

console
docker-compose stop
docker-compose rm -f
docker container prune