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masif

yanz24/masif

yanz24

基于masif-neosurf的蛋白质表面分析工具镜像,额外集成pot、pandas等数据处理依赖,方便开展生物信息学相关分析工作。

下载次数: 0状态:社区镜像维护者:yanz24仓库类型:镜像最近更新:2 个月前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具,协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题,请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

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yanz24/masif镜像说明

镜像概述

本镜像基于masif-neosurf构建,补充集成了pot(最优传输库)、pandas(数据处理库)等常用依赖,旨在为蛋白质表面分析提供开箱即用的环境,减少用户手动配置依赖的成本,专注于生物信息学研究中的数据分析任务。

核心功能

  1. 支持masif-neosurf原生的蛋白质表面结构计算与分析功能
  2. 集成pot库,可进行最优传输相关的数据分析
  3. 集成pandas库,方便对分析结果进行高效的数据处理与整理

使用场景

  • 生物信息学领域中蛋白质表面结构特征提取
  • 分子相互作用预测研究中的数据预处理与分析
  • 需要整合最优传输算法的蛋白质相关研究

配置说明

镜像内置masif-neosurf及所有依赖库,用户可直接通过交互模式进入容器进行操作,或挂载本地数据卷以处理自定义数据。

部署示例

Docker Run命令

bash
docker run -it --rm -v /本地数据路径:/容器内路径 yanz24/masif bash

(注:将/本地数据路径替换为实际本地数据目录,/容器内路径替换为容器内目标路径,以便访问本地数据)

基础使用流程

进入容器后,可直接调用masif-neosurf相关命令进行蛋白质表面分析,结合pot、pandas库完成后续数据处理。

bash
# 示例:运行masif-neosurf的表面计算脚本(需根据实际需求调整)
masif_neosurf_compute_surface.py --input /容器内路径/protein.pdb

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 masif 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/yanz24/masif:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull yanz24/masif:<标签>

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