yyasumizu/bam_filter_polyx
yyasumizu
VIRTUS是一款利用人类RNAseq数据检测和定量病毒转录本的工具，支持考虑剪接事件，覆盖762种病毒（含SARS-CoV-2），适用于bulk和单细胞RNAseq分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：yyasumizu仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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VIRTUS : VIRal Transcript Usage Sensor v1.2.1
（右侧图片：https://github.com/yyoshiaki/VIRTUS/raw/master/img/VIRTUS.jpg%EF%BC%8C%E5%AE%BD%E5%BA%A620%25%EF%BC%89
镜像概述
VIRTUS是首个基于正常人类RNAseq数据、考虑病毒转录本剪接事件而非基因组拷贝数的病毒转录本检测与定量工具。它支持bulk RNAseq和单细胞RNAseq数据，参考病毒库覆盖762种病毒（含导致COVID-19的SARS-CoV-2）。工作流基于Common Workflow Language（CWL）和Rabix实现，可单独指定参数或通过yaml/json文件批量配置。
核心功能
- 病毒转录本的精准检测与定量
- 支持病毒转录本剪接事件分析
- 兼容bulk和单细胞RNAseq数据
- 覆盖762种常见病毒（含SARS-CoV-2）
- 参数可单独设置或通过yaml/json统一配置
使用场景
- 学术研究中RNAseq数据的病毒感染分析
- 新冠病毒（SARS-CoV-2）转录本动态研究
- 病毒剪接事件相关分子机制探索
配置说明
- 参数配置：可直接指定单个参数，或提供包含所有参数的yaml/json文件
- 快速入门：建议参考项目https://github.com/yyoshiaki/VIRTUS/wiki%E5%8F%8Ahttps://github.com/yyoshiaki/VIRTUS/wiki/Quick-tutorial-(installation,-create-index,-and-first-run)%EF%BC%8C%E6%B6%B5%E7%9B%96%E5%AE%89%E8%A3%85%E3%80%81%E7%B4%A2%E5%BC%95%E5%88%9B%E5%BB%BA%E5%92%8C%E9%A6%96%E6%AC%A1%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%AD%A5%E9%AA%A4
Docker部署示例
（需替换本地数据路径与具体参数）
bashdocker run --rm -v /本地数据目录:/容器数据目录 yyasumizu/bam_filter_polyx [参数列表]
联系信息
Yoshiaki Yasumizu：***
引用
Yasumizu, Yoshiaki, et al. "VIRTUS: a pipeline for comprehensive virus analysis from conventional RNA-seq data." Bioinformatics (2020): btaa859.
致谢
- Kozo Nishida：CI配置及技术支持
- Ayano Onishi：Logo设计
许可证
本软件对学术用户免费开放，商业用途禁止。采用http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
（许可证标识：https://i.creativecommons.org/l/by-nc/4.0/88x31.png%EF%BC%89
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 bam_filter_polyx 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/yyasumizu/bam_filter_polyx:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull yyasumizu/bam_filter_polyx:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"