zhanglab/atac-seq

zhanglab/atac-seq镜像说明

镜像概述

本镜像为ATAC-seq（染色质可及性测序）质量控制（QC）流程提供稳定的工作环境，确保分析结果的可复现性。相关流程细节可参考GitHub仓库：https://github.com/ShaopengLiu1/Atac-seq_Quality_Control_pipe%E3%80%82

核心功能

镜像包含三个标签版本，满足不同需求：

• zhanglab/atac-seq:base：基础环境，集成所有所需软件和依赖包。
• zhanglab/atac-seq:mm10：包含流程脚本及mm10参考基因组。
• zhanglab/atac-seq:full：包含流程脚本及多种参考基因组（mm9、mm10、hg19、hg38、danRer10）。

使用场景

适用于生物信息学研究中ATAC-seq数据的质量控制分析，支持不同物种参考基因组的需求场景。

配置说明

根据分析需求选择对应标签版本：

• 仅需基础环境：使用base标签。
• 分析小鼠（mm10）数据：使用mm10标签。
• 分析多物种数据：使用full标签。

部署示例

Docker Run命令

运行full版本镜像：

bash
docker run -it --rm zhanglab/atac-seq:full

Docker Compose示例（简单配置）

yaml
version: '3'
services:
  atac-seq-qc:
    image: zhanglab/atac-seq:full
    volumes:
      - ./data:/data  # 挂载本地数据目录到容器
    command: /bin/bash

顾问：Bo Zhang
贡献者：Cheng Lyu、Shaopeng Liu