zhxu73/sequenceserver-scale
zhxu73
该Docker镜像提供sequenceserver-scale的容器化部署，支持Web/Master与Worker节点配置，可通过iRODS或本地目录挂载数据库，用于生物信息学的BLAST序列比对服务。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：zhxu73仓库类型：镜像最近更新：6 年前
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sequenceserver-scale-docker镜像说明
镜像概述
本镜像为sequenceserver-scale提供容器化部署方案，包含Web/Master和Worker两种容器类型，支持带iRODS（数据管理系统）和不带iRODS的版本，可灵活配置数据库来源（iRODS路径或本地目录挂载），适用于分布式生物信息学序列比对场景。
核心功能
- 支持Web/Master节点与Worker节点的分布式部署
- 数据库可通过iRODS同步或本地目录挂载获取
- 可通过环境变量配置项目名称、认证密码、BLAST线程数等参数
- 支持与原生work_queue_factory工具协同工作
使用场景
- 生物信息学研究中的大规模序列比对任务（如基因组分析、基因功能注释）
- 需要分布式计算能力的BLAST服务部署
- 结合iRODS系统管理生物数据的场景
配置说明
Web/Master容器环境变量
| 变量名 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
| PROJECT_NAME | 项目名称（用于目录服务器） | 空 |
| WORKQUEUE_PASSWORD | Master与Worker之间的认证密码（空表示无需密码） | 空 |
| BLAST_NUM_THREADS | BLAST程序运行的线程数（需与Worker一致） | 4 |
| SEQSERVER_DB_PATH | 容器内数据库路径（需与Worker一致） | /var/www/sequenceserver/db |
| IRODS_SYNC_PATH | iRODS版本专用：同步数据库的iRODS路径 | /iplant/home/shared/iplantcollaborative/example_data/GEA_Blast_dbs |
Worker容器环境变量
| 变量名 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
| PROJECT_NAME | 项目名称（设置后忽略MASTER_IP） | 空 |
| MASTER_IP | Master节点IP地址 | 127.0.0.1 |
| WORKQUEUE_PASSWORD | Master与Worker之间的认证密码 | - |
| BLAST_NUM_THREADS | BLAST程序运行的线程数 | 4 |
| NUM_WORKER | 启动的worker数量（NUM_WORKER*BLAST_NUM_THREADS不超过CPU核心数） | 1 |
| SEQSERVER_DB_PATH | 容器内数据库路径（需与Master一致） | /var/www/sequenceserver/db |
| IRODS_SYNC_PATH | iRODS版本专用：同步数据库的iRODS路径 | /iplant/home/shared/iplantcollaborative/example_data/GEA_Blast_dbs |
部署示例
Web/Master容器（带iRODS）
bashdocker run --rm -ti -p 80:3000 -p 9123:9123 -e PROJECT_NAME=starBLAST -e WORKQUEUE_PASSWORD= -e BLAST_NUM_THREADS=4 zhxu73/sequenceserver-scale
Web/Master容器（不带iRODS，本地挂载数据库）
bashdocker run --rm -ti -p 80:3000 -p 9123:9123 -e PROJECT_NAME=starBLAST -e WORKQUEUE_PASSWORD= -e BLAST_NUM_THREADS=4 -v /本地数据库路径:/var/www/sequenceserver/db zhxu73/sequenceserver-scale:no-irods
Worker容器（带iRODS）
bashdocker run --rm -ti --net=host -e PROJECT_NAME=starBLAST -e WORKQUEUE_PASSWORD= -e BLAST_NUM_THREADS=4 -e NUM_WORKER=2 zhxu73/sequenceserver-scale-worker
Worker容器（不带iRODS，本地挂载数据库）
bashdocker run --rm -ti --net=host -e PROJECT_NAME=starBLAST -e WORKQUEUE_PASSWORD= -e BLAST_NUM_THREADS=4 -e NUM_WORKER=2 -v /本地数据库路径:/var/www/sequenceserver/db zhxu73/sequenceserver-scale-worker:no-irods
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sequenceserver-scale 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/zhxu73/sequenceserver-scale:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull zhxu73/sequenceserver-scale:<标签>
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