agaveplatform/jupyter-notebook

Agave平台Jupyter Notebook镜像

镜像概述

该镜像基于Jupyter数据科学栈构建，集成Agave Python SDK、Agave CLI及多种示例笔记本文件，适用于本地开发环境或通过安全隧道在远程系统作为Agave应用运行。

核心功能

• Jupyter Notebook 5.2.x版本
• Conda Python 3.x环境，预安装pandas、matplotlib、scipy等数据科学库
• Conda R v3.3.x环境，预安装plyr、devtools、tidyverse系列包等
• Julia v0.6.x环境，预安装Gadfly、RDatasets等
• Agave Python & R SDK及CLI工具
• 提供Python 2、Python3、R、Bash的快速入门指南和示例笔记本
• 支持自签名HTTPS证书、密码less sudo等配置选项

使用场景

1. 本地数据科学开发与分析
2. 基于Agave平台的应用开发与测试
3. 远程系统上通过安全隧道运行Jupyter Notebook服务

配置说明

基本使用

启动容器，监听8888端口并生成随机认证令牌：

bash
docker run -it --rm -p 8888:8888 agaveplatform/jupyter-notebook

注意日志中的认证令牌，用于访问Notebook。

编排使用

通过docker-compose启动，挂载本地Agave CLI凭证缓存：

bash
docker-compose up

Notebook选项

传递Jupyter命令行参数，例如设置自定义密码：

bash
docker run -d -p 8888:8888 agaveplatform/jupyter-notebook start-notebook.sh --NotebookApp.password='sha1:74ba40f8a388:c913541b7ee99d15d5ed31d4226bf7838f83a50e'

Docker环境变量

常用变量示例：

• AGAVE_CACHE_DIR: Agave缓存文件路径
• GEN_CERT=yes: 生成自签名SSL证书
• NB_UID: 设置jovyan用户UID（需以root运行）
• GRANT_SUDO=yes: 授予jovyan密码less sudo权限（需以root运行）

SSL证书配置

挂载自定义SSL证书：

bash
docker run -d -p 8888:8888 \
    -v /本地证书目录:/etc/ssl/notebook \
    agaveplatform/jupyter-notebook start-notebook.sh \
    --NotebookApp.keyfile=/etc/ssl/notebook/notebook.key \
    --NotebookApp.certfile=/etc/ssl/notebook/notebook.crt

替代命令

使用start.sh运行Jupyter Lab：

bash
docker run -it --rm -p 8888:8888 agaveplatform/jupyter-notebook start.sh jupyter lab