agladstein/data_science_popgen_notebook

镜像概述

本镜像基于jupyter/datascience-notebook构建，由北卡罗来纳大学教堂山分校遗传学系开发，旨在为群体遗传学领域提供一站式数据科学研究环境，集成多种编程语言、数据科学工具及群体遗传学专用库，方便科研人员快速开展数据分析。

核心功能

编程语言支持

• Python、R、Julia三大主流科研语言

数据科学工具

• Jupyter Lab/Notebook/Hub：交互式数据分析平台
• Pweave：文档生成工具
• pandas、matplotlib、scipy等常用数据分析与可视化库
• dask、bokeh：分布式计算与交互式可视化工具

群体遗传学专用工具

• tskit：群体遗传数据处理库
• msprime：群体遗传模拟工具
• POPdemog：群体 demographic 分析库
• pylibseq：序列数据处理库
• scikit-allel：等位基因数据分析库
• fileStats：文件统计工具
• dadi：群体遗传模型推断工具

使用场景

• 群体遗传数据的统计分析与可视化
• 群体进化模型的模拟与验证
• 科研人员开展群体遗传学相关研究
• 教学场景中群体遗传学数据分析实践

配置说明

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/agladstein/data_science_popgen_notebook:<tagname>

（<tagname>为版本标签，如1.0.1，省略则使用latest）

以bash进入容器

bash
docker run -it -v <本地路径>:/home/jovyan/work --rm -p 8888:8888 docker.xuanyuan.run/agladstein/data_science_popgen_notebook:<tagname> /bin/bash

直接启动Jupyter Lab

bash
docker run -it -v <本地路径>:/home/jovyan/work --rm -p 8888:8888 docker.xuanyuan.run/agladstein/data_science_popgen_notebook:<tagname> jupyter-lab

Singularity部署（HPC环境）

拉取镜像

bash
singularity pull docker://agladstein/data_science_popgen_notebook:<tagname>

进入容器

bash
singularity shell data_science_popgen_notebook_<tagname>.simg

（可通过-B绑定额外路径，如-B /scratch）

HPC环境运行Jupyter

1. 获取交互式会话（SLURM示例）：

bash
srun -t 8:00:00 -p interact -N1 -n1 --x11=first --pty /bin/bash

2. 启动容器并绑定路径：

bash
singularity shell -B <其他路径> -B <本地路径>:/home/jovyan/ data_science_popgen_notebook_<tagname>.simg

3. 启动Jupyter：

bash
ipnport=$(shuf -i8000-9999 -n1)
ipnip=$(hostname -i)
export XDG_RUNTIME_DIR=""
jupyter-notebook --no-browser --port=$ipnport --ip=$ipnip

4. 本地SSH端口转发：

bash
ssh -N -L $ipnport:$ipnip:$ipnport <用户名>@<HPC地址>

5. 本地浏览器访问localhost:$ipnport并输入token即可使用。

dadi工具配置

运行dadi前需添加Python路径：

bash
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/jovyan/dadi"
export PYTHONPATH