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FACETS-SUITE v2.0.8和FACETS v0.6.1的Docker镜像，提供等位基因特异性拷贝数分析工具，支持snp-pileup基因型分析、FACETS运行及MAF格式体细胞突变的癌症细胞分数估算。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：asntech仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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FACETS-SUITE v2.0.8与FACETS v0.6.1 Docker镜像
镜像概述
本镜像包含FACETS-SUITE v2.0.8和FACETS v0.6.1工具，用于生物信息学领域的等位基因特异性拷贝数分析，支持肿瘤与正常样本的基因组数据处理及相关注释。
核心功能
- snp-pileup-wrapper.R：通过
snp-pileup对正常和肿瘤样本的全基因组位点进行基因分型 - run-facets-wrapper.R：运行FACETS v0.6.1工具进行拷贝数分析
- annotate-maf-wrapper.R：利用FACETS得到的纯度和倍性估算值，计算MAF格式体细胞突变的癌症细胞分数（CCFs）
使用场景
适用于癌症基因组研究中，对肿瘤样本与配对正常样本的拷贝数变异分析、体细胞突变的癌症细胞分数计算等场景。
配置说明
可通过各脚本的--help参数查看详细配置选项，示例如下：
snp-pileup-wrapper.R使用示例
shelldocker run -it asntech/facets-suite:v2.0.8_v0.6.1 snp-pileup-wrapper.R --help
run-facets-wrapper.R使用示例
shelldocker run -it asntech/facets-suite:v2.0.8_v0.6.1 run-facets-wrapper.R --help
annotate-maf-wrapper.R使用示例
shelldocker run -it asntech/facets-suite:v2.0.8_v0.6.1 annotate-maf-wrapper.R --help
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 facets-suite 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/asntech/facets-suite:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull asntech/facets-suite:<标签>
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镜像拉取常见问题
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oldzhang
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Linux服务器
5
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