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Immcantation套件镜像，支持应用程序和数据库，需拉取特定标签，无“latest”标签。
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Immcantation Docker 镜像文档
!Docker Pulls]([] !AIRR-C 标准兼容]([] !贡献者公约]([***]
镜像概述和主要用途
Immcantation 是一个用于高通量适应性免疫受体库测序（AIRR-seq）数据集的完整分析生态系统。尽管主要专注于 B 细胞受体（BCR）分析，但方法同样适用于 T 细胞受体（TCR）。该框架提供从原始读取数据开始的预处理、群体结构确定和受体库分析功能，包含 Python 和 R 软件包。
Docker 镜像提供了 Immcantation 框架、其依赖项、辅助脚本和 IgBLAST 的完整安装，还包含 IgBLAST 和 IMGT 参考种系集以及多个示例管道脚本。
核心功能和特性
- 完整的 Immcantation 框架安装
- 包含所有依赖项、辅助脚本和 IgBLAST 工具
- 内置 IgBLAST 和 IMGT 参考种系数据库
- 提供多个示例管道脚本
- 符合 AIRR-C sw-tools v1 标准
- 支持 BCR 和 TCR 受体库分析
使用场景和适用范围
- 高通量 AIRR-seq 数据分析
- B 细胞受体（BCR）深度分析
- T 细胞受体（TCR）序列分析
- 适应性免疫受体库研究
- 免疫学和相关领域的生物信息学研究
镜像获取与版本控制
镜像地址
Docker Hub: immcantation/suite
版本标签说明
- 官方发布版本: 使用元版本号标签（如
1.0.0） - 开发版本:
devel标签表示最新开发（不稳定）构建 - 注意: 不提供
latest标签，必须指定具体版本标签
获取镜像
docker pull immcantation/suite:<tag>
例如，拉取 1.0.0 版本:
docker pull immcantation/suite:1.0.0
使用方法
基本运行命令
docker run -it --rm immcantation/suite:<tag>
挂载数据卷运行
docker run -it --rm -v /本地数据目录:/data immcantation/suite:<tag>
运行示例管道脚本
docker run -it --rm -v /本地数据目录:/data immcantation/suite:<tag> /opt/immcantation/pipelines/example_pipeline.sh
仓库结构
| 文件夹 | 内容描述 |
|---|---|
| docker | Dockerfiles，用于构建Docker Hub上的镜像 |
| docs | Sphinx构建文件，用于ReadTheDocs上托管的文档 |
| pipelines | Docker镜像的示例管道脚本 |
| protocols | 已发表实验方案的引物序列和扩增子设计 |
| scripts | IMGT、IgBLAST和VDJTools的辅助脚本 |
配置Git仓库（开发者用）
如果需要更新Git配置设置：
git config user.email "***" git config user.name "your-gh-user-name" git remote set-url origin ***:immcantation/immcantation.git
文档资源
完整的使用文档、API文档和多个教程可在以下位置找到：
- Immcantation文档门户
注意事项
- 仓库已迁移至新地址: [***]
- 必须指定具体版本标签拉取镜像，不支持
latest标签 - 开发版本(
devel)可能包含未稳定的功能，生产环境建议使用官方发布版本
常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
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