immcantation/airrflow

Immcantation

概述

随着高通量测序技术的发展，大规模表征B细胞受体(BCR)和T细胞受体(TCR)谱系成为可能。适应性免疫受体谱系(AIRR)具有高度的种系和体细胞多样性，为生物学意义的分析带来挑战，需要专门的计算方法。Immcantation框架提供了一个从开始到结束的完整分析生态系统，用于高通量AIRR-seq数据集。虽然主要关注BCR，但方法也适用于TCR。该框架提供Python和R包，支持从原始读取开始的预处理、群体结构确定和谱系分析。

核心功能与特性

• 完整分析流程：提供从原始读取到最终谱系分析的全流程解决方案
• 多受体支持：主要针对B细胞受体(BCR)分析，同时适用于T细胞受体(TCR)
• 多语言工具集：集成Python和R包，满足不同分析需求
• 预处理能力：包含原始数据预处理工具，确保数据质量
• 群体结构分析：提供群体结构确定方法，解析免疫受体谱系特征
• 谱系分析功能：专业的适应性免疫受体谱系数据分析工具

使用场景与适用范围

适用于高通量AIRR-seq数据集的分析，特别适合：

• B细胞受体(BCR)谱系的大规模测序数据分析
• T细胞受体(TCR)谱系的测序数据分析
• 需要从原始测序数据进行完整流程分析的研究
• 免疫受体群体结构和谱系特征研究

Docker镜像使用方法

获取镜像

Immcantation Docker镜像托管在Docker Hub，可通过以下命令拉取：

bash
docker pull immcantation/suite:<tag>

标签说明

• 正式发布版本：使用元版本号标签（如1.0.0）
• 开发版本：使用devel标签（不稳定版本）
• 注意：不提供latest标签，需明确指定版本标签

运行容器

基本交互式运行命令：

bash
docker run -it immcantation/suite:<tag> /bin/bash

镜像内容与目录结构

Docker镜像包含完整安装的Immcantation框架及其相关组件：

• Immcantation核心工具
• 所有依赖项
• 辅助脚本
• IgBLAST工具
• IgBLAST和IMGT参考种系基因集
• 示例管道脚本

原仓库目录结构如下（镜像构建基于此结构）：

注意事项

仓库迁移通知

重要：Immcantation仓库已迁移至新地址：https://github.com/immcantation/immcantation

如需更新Git配置设置，请使用以下命令：

bash
git config user.email "your-gh-user@email.com"
git config user.name "your-gh-user-name"
git remote set-url origin git@github.com:immcantation/immcantation.git

文档与支持

完整使用文档、API文档和教程可在Immcantation Portal查阅。