immcantation/lab

镜像概述

immcantation/lab:devel镜像提供Immcantation教程材料的运行环境，主要用于培训目的，不可用于生产环境。该镜像包含RStudio，方便用户通过浏览器访问并进行教程练习，支持笔记本文件的编辑、运行和渲染。

核心功能与特性

• 内置RStudio，可通过浏览器访问（http://localhost:8787）
• 支持绑定本地目录到容器，实现笔记本文件的持久化编辑
• 允许保存容器状态，保留用户修改
• 提供笔记本渲染功能，支持通过Rscript执行rmarkdown::render命令

使用方法

获取镜像

bash
docker pull immcantation/lab:devel

运行容器

启动RStudio服务，通过浏览器访问http://localhost:8787。必须通过`-e`参数设置密码，可通过`--name`指定容器名称。

bash
docker run --network=host \
    --name MyImmcantationProject \
    --detach \
    -e PASSWORD=MyPassword \
    --rm -p 8787:8787 immcantation/lab:devel

用户名为magus，密码为上述命令中设置的密码（示例中为MyPassword）。

保存容器状态

若对容器进行了修改并希望保存状态，按以下步骤操作：

1. 在新终端中，使用以下命令查找运行中的容器ID：

   bash
   docker ps
   

2. 将容器状态提交为新镜像（<tag>可指定标签，如devel表示覆盖原devel镜像）：

   bash
   docker commit <容器ID> immcantation/lab:<tag>
   

3. 查看镜像列表：

   bash
   docker image ls
   

停止容器

使用容器名称停止容器：

bash
docker stop <容器名称>

使用笔记本

将本地笔记本目录绑定到容器的notebooks目录，并设置notebooks为工作目录。在浏览器中打开RStudio即可开始编辑笔记本。

bash
# 示例：编辑Immcantation培训笔记本
docker run --network=host \
    --name MyImmcantationProject \
    --detach \
    -v <本地笔记本目录路径>:/home/magus/notebooks:z \
    --workdir /home/magus/notebooks \
    -e PASSWORD=MyPassword \
    --rm -p 8787:8787 immcantation/lab:devel

渲染笔记本

bash
docker run --network=host \
    --name MyImmcantationProject \
    -v <本地笔记本目录路径>:/home/magus/notebooks:z \
    -e PASSWORD=MyPassword \
    --rm -p 8787:8787 immcantation/lab:devel Rscript -e "rmarkdown::render('notebook.Rmd')"

使用场景

• 学习和练习Immcantation教程
• 编辑和运行Immcantation培训笔记本
• 渲染R Markdown笔记本生成报告

注意事项

• 该镜像仅用于培训目的，不可用于生产环境
• 绑定本地目录时需确保路径正确，并使用:z选项处理SELinux上下文
• 保存容器状态会覆盖原有镜像标签（如使用devel标签），建议谨慎操作