g2nb/lab Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务

Genomics to Notebook (g2nb)

g2nb 结合了 Jupyter 的易用性和研究叙事能力与 Galaxy、GenePattern 等主流生物信息学平台的基因组学工具，并添加了许多便于非编程科学家使用的功能。

使用镜像

此镜像基于 Jupyter Stacks。使用时，需先拉取镜像，然后运行并映射端口 8888 到外部端口。为在多次运行间保留文件，请将 /home/jovyan 映射到主机上的目录。

docker pull g2nb/lab
docker run --rm -p 8888:8888 -v ~:/home/jovyan g2nb/lab

核心功能

• GenePattern Notebook： 使 GenePattern 用户能够在笔记本中交错文本、图形、代码与 GenePattern 分析，创建可编辑、共享和发布的笔记本。
• GiN： 支持在 Jupyter 笔记本中进行 Galaxy 分析。
• igv-jupyter： Jupyter 扩展，封装了 igv.js（Integrative Genomics Viewer 的 JavaScript 版本）。
• jupyter-wysiwyg： Markdown 单元格的富文本编辑器。
• cywidget： 在笔记本中可视化 Cytoscape 网络。
• nbtools： 创建用户友好型 Jupyter 笔记本的框架，同时适用于编程和非编程用户。

源代码

本项目采用 BSD-3-Clause 许可证开源。完整代码可在 我们的 GitHub 组织 中找到。