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Bioconductor内部包,用于为其生成的Docker镜像创建二进制文件,通过在GKE启动的Kubernetes集群并行处理包安装和二进制创建,与Bioconductor/k8sredis Kubernetes应用同步工作。
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BiocKubeInstall

概述与主要用途

BiocKubeInstall是Bioconductor的内部包,主要功能是为Bioconductor生成的Docker镜像创建二进制文件。其包安装和二进制创建过程在Kubernetes集群上并行执行,当前集群通过GKE(Google Kubernetes Engine)启动。该包与Bioconductor/k8sredis Kubernetes应用协同工作,确保流程同步。

核心功能与特性

主要组件

  1. inst/helm-chart:Kubernetes应用的Helm图表,用于部署和管理K8s集群中的相关资源。
  2. inst/docker:Kubernetes应用内部使用的Docker镜像,支持集群中的各项任务执行。
  3. BiocKubeInstall R/:运行在管理器和工作节点副本集上的核心代码,负责协调并行处理流程。
  4. GitHub Actions:自动化工作流,包括启动集群、部署应用、删除集群,以及每周三次测试二进制包安装的稳定性。

使用场景与适用范围

适用于AnVIL平台及所有继承bioconductor_docker的镜像,用于在这些环境中高效安装和管理Bioconductor相关包的二进制文件。

使用方法与配置说明

在AnVIL平台或继承bioconductor_docker的镜像中,可按以下步骤使用:

  1. 安装AnVIL包:
BiocManager::install('Bioconductor/AnVIL')
  1. 查看仓库配置(应显示Google存储API为首选结果):
AnVIL::repositories()
  1. 安装示例包(如Rhtslib):
AnVIL::install('Rhtslib')

作者

  • Nitesh Turaga - ***
  • Martin Morgan

相关链接

  • k8sredis:[***]
  • 使用教程:BiocKubeInstall_Tutorial
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by Redis
认证
Redis Stack是一个集成方案,它安装Redis服务器并赋予其额外的数据库功能,如搜索、JSON数据处理、时间序列管理等,同时包含RedisInsight这一可视化管理工具,帮助用户便捷部署、监控和管理Redis数据库,有效提升开发与运维效率。
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redis-stack-server是一款用于安装Redis服务器的工具,它在标准Redis服务器的基础上,集成了多种额外的数据库功能,包括对JSON数据类型的原生支持、高效的全文搜索能力、时间序列数据的专门管理机制以及概率数据结构(如布隆过滤器)等,这些扩展功能显著增强了Redis的数据处理多样性和应用灵活性,使其能够更好地满足实时数据分析、内容检索、多模型数据存储等复杂场景的需求。
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上次更新:25 天前
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redislabs/redis
by Redis
认证
Clustered in-memory database engine compatible with open source Redis by Redis Labs
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上次更新:5 天前

常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别?

免费版仅支持 Docker Hub 加速,不承诺可用性和速度;专业版支持更多镜像源,保证可用性和稳定速度,提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像?

免费版仅支持 docker.io;专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时,表示流量已耗尽,需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后,如何去掉轩辕镜像域名前缀?

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。

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