biodepot/nbdocker

nbdocker

nbdocker是一个Jupyter Notebook扩展，允许在笔记本中执行不同的Docker容器。每个容器封装独立的计算环境，因此可在单个笔记本中包含多种编程语言和计算环境，方便用户记录代码及其运行环境。

概述

Docker镜像地址：https://hub.docker.com/r/biodepot/nbdocker/
预印本：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/02/309567
作者：Jiaming Hu、Ling-Hong Hung、Ka Yee Yeung
所属机构：美国华盛顿大学塔科马分校工程与技术学院
联系方式：***

核心功能

1. 允许在Jupyter Notebook中执行不同的Docker容器
2. 每个容器封装独立的计算环境
3. 支持在单个笔记本中集成多种编程语言和环境
4. 方便用户记录代码及其对应的运行环境

使用场景

• 科研人员在Jupyter中使用多种编程语言（如Python、R、Julia）进行数据分析
• 数据科学家需要在同一笔记本中切换不同计算环境以测试代码
• 教育场景中展示不同环境下的代码运行效果

配置说明

快速安装与运行

1. 拉取镜像：

shell
docker pull biodepot/nbdocker

2. 运行容器：

shell
docker run -it -p 8888:8888 -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v <你的本地路径>:/home/jovyan/work --privileged --group-add root biodepot/nbdocker

3. 复制终端输出的URL到浏览器，即可使用nbdocker。

开发安装（适用于开发者）

基础环境要求

• Python 3 >=3.5.0
• docker-py >=3.0.0
• Jupyter Notebook（若未安装，执行python3 -m pip install jupyter）

安装步骤

1. 克隆仓库：

bash
git clone https://github.com/jmhoo/nbdocker.git

2. 安装nbdocker包：

bash
cd nbdocker
python3 -m pip install -e . --user

3. 启用Jupyter扩展：

bash
jupyter serverextension enable --py --user nbdocker
jupyter nbextension install nbdocker --user
jupyter nbextension enable nbdocker/main --user

故障排除

若出现内部服务器错误，可尝试执行：sudo chmod 666 /var/run/docker.sock

致谢

感谢Dr. Wes Lloyd在小组会议中的有益讨论，感谢Fang Chen先生对Jupyter魔法命令的研究及早期保存Docker历史记录的实现。L.H.H.和K.Y.Y.得到NIH grants U54HL和R01GM支持，J.H.得到U54HL***支持。同时感谢华盛顿大学塔科马分校数据科学中心和技术学院提供的服务器。

华盛顿大学塔科马分校生物信息学小组