biolabs/snakemake

支持snakemake的Docker镜像

镜像概述和主要用途

本镜像基于continuumio/miniconda3（Debian Linux）构建，集成了最新版snakemake及相关工具，专为LSF提交系统设计，可在集群环境中运行snakemake工作流。包含实用依赖包和环境定制脚本，便于快速部署和执行生物信息学等领域的数据分析流程。

核心功能和特性

• 基于continuumio/miniconda3基础镜像（Debian Linux系统）
• 预装最新版snakemake
• 包含pandas、pathlib、cookiecutter等snakemake工作流常用依赖包
• 提供cmd_wrapper.sh脚本，支持在LSF集群环境中执行前自定义镜像环境

构建（Build）

切换至biolabs/snakemake目录，执行以下命令构建镜像：

bash
docker build -t biolabs/snakemake .

运行（Run）

本地运行示例

可通过以下命令在本地运行容器：

bash
docker run -it biolabs/snakemake

bash
docker run -it biolabs/snakemake /bin/bash 

bash
docker run -it biolabs/snakemake snakemake --help  

加载自定义环境脚本

如需source自定义bash脚本以添加额外环境设置，使用：

bash
docker run -it biolabs/snakemake use-source /some/script/to/source/by/bash snakemake --help  

覆盖默认入口点

可覆盖默认的/usr/bin/cmd_wrapper.sh入口点，例如：

bash
docker run -it --entrypoint /bin/bash biolabs/snakemake

用户权限说明

若以修改后的用户ID和主目录运行容器，无法直接在容器内安装包，但可在用户有写权限的位置（如主目录）创建conda环境。

推送（Push）

推送镜像前需先登录Docker Hub：

bash
docker login -u biolabs

然后推送当前镜像：

bash
docker push biolabs/snakemake

准备下一个版本

https://hub.docker.com/repository/docker/biolabs/snakemake/builds%E4%BC%9A%E8%87%AA%E5%8A%A8%E8%A7%A6%E5%8F%91%E4%B8%A4%E7%A7%8D%E7%B1%BB%E5%9E%8B%E7%9A%84%E6%9E%84%E5%BB%BA%EF%BC%9A

• 每次master分支提交时，构建biolabs/snakemake:latest
• 推送标签时，构建对应版本。标签需匹配模式/^snakemake([0-9.]+)_conda([0-9.]+)_py([0-9.]+_v[0-9]+$/，例如标签5.8.2_conda4.8.0_py37_v1会构建biolabs/snakemake:5.8.2_conda4.8.0_py37

注意：DockerHub仅能从新标签触发构建，无法重新触发已有标签的构建。由于正则匹配限制，标签需包含_vNNN后缀，构建时会自动去除该后缀。

版本准备步骤

1. 本地构建镜像并验证功能正常
2. 提交并推送更改至GitHub
3. 创建标签，例如：

   bash
   git tag -a snakemake5.13.0_conda4.8.3_py37_v1 -m "Snakemake 5.13.0_conda4.8.3"
   

   • 查看标签：git tag -l
   • 删除本地标签：git tag -d tagname
   • 删除远程标签：git push --delete origin tagname
4. 推送标签：

   bash
   git push --tags
   

5. 在https://hub.docker.com/repository/docker/biolabs/snakemake/builds%E7%A1%AE%E8%AE%A4%E6%9E%84%E5%BB%BA%E5%B7%B2%E8%A7%A6%E5%8F%91%E5%B9%B6%E5%AE%8C%E6%88%90
6. 如需更新同一版本镜像，需提交更改后创建增加版本号后缀的新标签（如v2）并推送