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shinejh0528/snakemake

shinejh0528

基于snakemake 9.11.1的Docker镜像，包含Python 3.13和Singularity，用于工作流管理；另有教程专用版本（9.11.1_for_tutorial）附加samtools和bwa工具，适用于snakemake基础教程。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：shinejh0528仓库类型：镜像最近更新：6 个月前

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Snakemake Docker镜像文档

镜像概述

本镜像提供Snakemake工作流管理系统的运行环境，包含多个版本以适应不同使用需求。镜像基于Snakemake 9.11.1构建，集成必要依赖工具，支持高效的工作流定义与执行。

版本信息

9.11.1

基础组件：
- Python 3.13
- Snakemake 9.11.1
- Singularity（容器化工具）

9.11.1_for_tutorial

用途：适用于Snakemake官方基础教程（参考链接：[***]
基于9.11.1版本，额外包含：
- samtools（序列分析工具）
- bwa（序列比对工具）

核心功能与特性

支持Snakemake工作流的定义、执行与管理
集成Python 3.13运行环境，满足脚本执行需求
包含Singularity工具，支持容器化工作流组件
教程专用版本预置生物信息学工具（samtools、bwa），便于学习实践

使用场景

常规Snakemake工作流开发与运行
依赖Singularity的容器化工作流执行
Snakemake官方基础教程（basics.html）的实操环境搭建

使用方法

基本要求

运行容器时必须添加--privileged选项，以支持Singularity功能。

启动命令示例

bash
docker run -it -v [宿主机路径]:[容器内路径] --privileged shinejh0528/snakemake:9.11.1 /bin/bash

参数说明

-it：以交互模式运行容器并分配终端
-v [宿主机路径]:[容器内路径]：挂载宿主机目录到容器内，用于数据共享
--privileged：赋予容器扩展权限，确保Singularity正常工作
shinejh0528/snakemake:9.11.1：镜像名称及版本（根据需求替换为9.11.1_for_tutorial）
/bin/bash：启动后进入bash终端

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 snakemake 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/shinejh0528/snakemake:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull shinejh0528/snakemake:<标签>

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