bromberglab/predictprotein

predictprotein

镜像概述

本Docker镜像提供了RostLab开发的predictprotein pipeline工具。该工具最初用于预测蛋白质二级结构及相关家族，经过二十年发展，已扩展至溶剂可及性、跨膜螺旋、无序区域、二硫键、亚细胞定位、蛋白质相互作用位点、基因本体论注释及氨基酸变化影响预测等多种功能。

核心功能

• 蛋白质结构预测：二级结构、跨膜螺旋/β桶、无序区域、二硫键、残基接触
• 功能注释：亚细胞定位、蛋白质-蛋白质/DNA结合位点、基因本体论（GO）注释
• 变异影响预测：氨基酸变化对蛋白质功能及结构的影响

使用场景

适用于生物信息学研究领域，帮助科研人员分析蛋白质序列，预测其结构特征及功能，支持疾病相关蛋白质变异分析、药物靶点研究等场景。

配置说明

前置要求

• Docker环境

依赖项

• PredictProtein数据库：下载链接

使用方法

交互式运行

bash
docker run --rm -it -v <本地输出目录>:/mnt/local-storage bromberglab/predictprotein predictprotein [参数]

封装式运行

bash
docker run --rm -v <本地输出目录>:/mnt/local-storage bromberglab/predictprotein predictprotein [参数]

挂载数据库
添加以下参数以挂载本地数据库：

bash
-v <本地数据目录>:/usr/share/rostlab-data/data/

下载最新数据库

bash
docker run -t -d --name=my_predictprotein -v <本地输出目录>:/mnt/local-storage bromberglab/predictprotein
docker exec my_predictprotein setupdb

运行预测命令
直接执行：

bash
docker exec my_predictprotein predictprotein [参数]

或进入交互式终端：

bash
docker exec -i -t my_predictprotein /bin/bash

停止容器

bash
docker stop my_predictprotein

示例

1. 查看帮助文档

bash
docker run --rm bromberglab/predictprotein predictprotein --help

2. 运行fasta文件分析

bash
docker run --rm -v <本地输出目录>:/mnt/local-storage bromberglab/predictprotein predictprotein -o /mnt/local-storage/test_out/ --seqfile /mnt/local-storage/query.fasta

（需将query.fasta放入本地输出目录）

注意事项

• 使用--rm参数可在容器退出后自动删除容器。

许可证

本项目遵循学术软件许可协议。

引用

请参考官方网站：[***]

关于

PredictProtein由RostLab开发维护，Docker镜像由Maximilian Miller（BrombergLab）创建维护。如需支持，请联系：<***>。