crukcibioinformatics/quantitative_chip_workshop

镜像概述

本Docker镜像为2020年欧洲Bioconductor会议的定量ChIP-seq研讨会设计，集成了RStudio环境及全套Bioconductor分析工具，用于ChIP-seq、ATAC-seq等DNA富集实验的定量分析，包括差异结合分析等核心流程。

核心功能

1. 数据预处理：对对齐的测序reads进行质量过滤、重复去除、黑名单/灰名单处理；
2. 定量分析：构建共识峰集、计算read计数矩阵；
3. 归一化：解决ChIP-seq数据归一化的特殊挑战；
4. 差异分析：使用edgeR、DESeq2等包进行差异结合分析；
5. 结果输出：生成报告、可视化图表及下游分析所需的结果文件。

使用场景

• 生物信息学研究者学习或实践ChIP-seq/ATAC-seq数据分析；
• 研讨会或培训课程的教学环境搭建；
• 快速复现ChIP-seq定量分析流程。

配置说明

部署步骤

1. 安装Docker：访问https://www.docker.com/%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E5%B9%B6%E5%AE%89%E8%A3%85%EF%BC%9B
2. 拉取镜像：

   bash
   docker pull crukcibioinformatics/quantitative_chip_workshop
   

3. 运行镜像：

   bash
   docker run -e PASSWORD=yourpassword -p 8787:8787 crukcibioinformatics/quantitative_chip_workshop
   

4. 登录RStudio：
   • 浏览器访问http://localhost:8787（Windows用户需替换为docker-machine ip default获取的IP）；
   • 用户名：rstudio，密码：yourpassword；
5. 启动研讨会内容：在RStudio中运行browseVignettes(package = "Quantitative-ChIPseq-Workshop")，查看HTML、源码或R代码。

依赖包

包含Diff***d、csaw、ChIPQC、DESeq2、edgeR、GreyListChIP等Bioconductor核心分析包。