crukcibioinformatics/shiny-base

Shiny应用基础Docker镜像

镜像概述

本镜像为部署R Shiny应用的基础Docker镜像，基于Shiny Server构建，预装shiny、tidyverse等常用R包，旨在作为开发者构建自定义Shiny应用的基础环境，简化应用部署流程。

核心功能

1. 集成Shiny Server，支持R Shiny应用的部署与运行
2. 预装shiny、tidyverse等常用R包，减少应用构建时的依赖安装步骤
3. 支持端口映射、日志挂载、自定义配置文件等灵活部署选项
4. 可作为基础镜像，扩展安装额外R包、数据文件及应用资源

使用场景

1. 快速启动Shiny Server测试实例，验证环境配置
2. 作为基础镜像，构建包含特定R包和资源的自定义Shiny应用镜像
3. 部署无需额外依赖的简单Shiny应用，通过目录挂载直接运行

配置说明

构建镜像

在包含Dockerfile的目录下执行以下命令构建镜像：

bash
docker build --tag="crukcibioinformatics/shiny-base" .

获取预构建镜像

从Docker Hub拉取预构建镜像：

bash
docker pull crukcibioinformatics/shiny-base

运行Shiny Server实例

启动临时容器运行Shiny Server测试页面（访问地址：http://localhost:3838%EF%BC%89%EF%BC%9A

bash
docker run -p 3838:3838 crukcibioinformatics/shiny-base

修改宿主端口（如8080）并以shiny用户身份后台运行：

bash
docker run -u shiny -d -p 8080:3838 crukcibioinformatics/shiny-base

日志配置

将容器内日志挂载到宿主目录：

bash
mkdir -p logs
chmod ugo+rwx logs
docker run -p 3838:3838 -v ${PWD}/logs:/var/log/shiny-server crukcibioinformatics/shiny-base

自定义Shiny Server配置

创建自定义配置文件（如shiny-server.conf），替换容器内默认配置：

bash
docker run -p 8080:8080 -v ${PWD}/shiny-server.conf:/etc/shiny-server/shiny-server.conf -v ${PWD}/logs:/var/log/shiny-server crukcibioinformatics/shiny-base

部署简单应用

通过目录挂载部署本地Shiny应用（假设应用目录为myapp）：

bash
docker run -p 3838:3838 -v ${PWD}/myapp:/srv/shiny-server/myapp -v ${PWD}/logs:/var/log/shiny-server crukcibioinformatics/shiny-base

访问地址：http://localhost:3838/myapp

构建自定义应用镜像

基于本镜像扩展安装额外R包并构建应用镜像（示例Dockerfile）：

dockerfile
FROM crukcibioinformatics/shiny-base

RUN R -e 'install.packages("gamlss", repos = "https://cloud.r-project.org")'

RUN mkdir /srv/shiny-server/myapp
RUN mkdir /srv/shiny-server/myapp/www

COPY app.R /srv/shiny-server/myapp/
COPY www/* /srv/shiny-server/myapp/www/

构建并运行：

bash
docker build --tag=myapp .
docker run -u shiny -d -p 8080:3838 -v ${PWD}/logs:/var/log/shiny-server myapp

访问地址：http://localhost:8080/myapp