edickie/kcnischool-rstudio

kcni-school-envs

KCNI暑期学校的Docker环境集合，包含RStudio和Jupyter两种学习环境，方便学员在任意机器上拉取并运行课程所需的分析工具。

如何从Docker镜像运行环境

步骤1：安装Docker

按照官方指南安装Docker Desktop：https://www.docker.com/products/docker-desktop%E3%80%82
若拥有管理员权限，安装过程相对简单。部分平台（如Windows）需开启虚拟化功能（部分工作电脑可能禁用）。若无法安装，可参考后续关于通过Compute Canada教学集群访问环境的说明。
需配置Docker的文件共享权限（详见下文）。

首次运行R与基因组学环境

打开终端（Windows使用PowerShell）执行以下命令：
注意：命令包含本地目录挂载参数，允许容器内外读写该目录文件。

1. 拉取镜像（约3G，仅需一次）：

sh
docker pull edickie/kcnischool-rstudio:latest

2. 运行容器（替换<path/to/your/data>为本地存储KCNI数据的路径）：

sh
docker run --rm \
 -p 127.0.0.1:8787:8787 \
 -e DISABLE_AUTH=true \
 -v <path/to/your/data>:/home/rstudio/kcni-school-data \
 edickie/kcnischool-rstudio:latest

终端显示[services.d] done.即启动成功，打开浏览器访问http://localhost:8787/进入RStudio界面。
Mac故障排除：若连接拒绝，将端口参数改为-p 8787:8787，访问http://192.168.99.100:8787/。

再次运行R环境

镜像已保存，再次运行速度更快。Windows PowerShell需合并命令为一行：

sh
docker run --rm -p 127.0.0.1:8787:8787 -e DISABLE_AUTH=true -v <path/to/your/data>:/home/rstudio/kcni-school-data edickie/kcnischool-rstudio:latest

空间访问错误解决

若出现权限错误，在Docker Desktop中进入设置->资源->文件共享，添加允许读写的本地目录。

终止容器（切换环境）

若端口占用，执行以下命令：

1. 查看运行容器：docker container ls
2. 终止容器：docker container kill <container_id/name>

运行Jupyter生理建模环境

该环境包含Python和Jupyter Notebook，用于生理建模：

1. 拉取镜像：docker pull edickie/kcnischool-jupyter:latest
2. 运行容器（替换<path/to/your/data>）：

sh
docker run --rm \
  -p 8888:8888 \
  -v <path/to/your/data>:/home/neuro/kcni-school-data \
  edickie/kcnischool-jupyter:latest

Windows PowerShell命令：

sh
docker run --rm -p 8888:8888 -v C:\Users\erin_dickie\data\kcni-school-data\:/home/neuro/kcni-school-data edickie/kcnischool-jupyter:latest

复制终端输出的Jupyter链接到浏览器即可访问。

从GitHub仓库重建镜像（讲师用）

RStudio-plink环境

手动构建：

sh
cd rstudio-plink
docker build -t rstudio-plink:v07 -t rstudio-plink:latest .  

本地运行：

sh
docker run --rm \
 -p 127.0.0.1:8787:8787 \
 -e DISABLE_AUTH=true \
 -v <path/to/your/data>:/home/rstudio/data \
 rstudio-plink:latest

Python-Octave环境

构建：docker build -t jupyter-neuron:v0.1 -t jupyter-neuron:latest .
运行：

sh
docker run --rm -p 8888:8888 -v C:\Users\erin_dickie\data\kcni-school-data\:/home/neuro/kcni-school-data jupyter-neuron:latest