ersiliaos/eos4e40

广谱抗生素活性预测模型

镜像概述和主要用途

该镜像包含一个基于大肠杆菌生长抑制实验训练的模型，能够识别与传统抗生素结构不同的化合物的抗生素潜力。模型可预测化合物抑制大肠杆菌生长的概率，其中预测的活性分子Halicin（SU3327）已通过体外和体内实验验证。模型于2020年11月4日整合，最后打包时间为2026年5月13日。

核心功能和特性

• 抗生素活性预测：基于化学图模型预测化合物抑制大肠杆菌生长的概率
• 结构多样性兼容：可识别与传统抗生素结构不同的化合物
• 实验验证：预测的活性分子Halicin已通过实验验证
• 固定输出维度：输出维度为1，提供抑制概率结果

信息详情

标识符

• Ersilia标识符：eos4e40
• 简称：chemprop-antibiotic

领域信息

• 任务：Annotation（注释）
• 子任务：Activity prediction（活性预测）
• 生物医学领域：Antimicrobial resistance（抗微生物耐药性）
• 目标生物：Escherichia coli（大肠杆菌）
• 标签：大肠杆菌、IC50、抗微生物活性、化学图模型

输入

• 输入类型：Compound（化合物）
• 输入维度：1

输出

• 输出维度：1
• 输出一致性：固定
• 解释：化合物抑制大肠杆菌生长的概率。训练集中抑制阈值设为80%生长抑制。

以下是模型的输出列：

来源和部署

• 来源：Local（本地）
• 来源类型：External（外部）
• DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos4e40
• Docker架构：AMD64、ARM64
• S3存储：[***]

资源消耗

• 模型大小（Mb）：428
• 环境大小（Mb）：1489
• 镜像大小（Mb）：2763.59

计算性能（秒）：

• 10个输入：36.61
• 100个输入：873.89
• ***个输入：-1（未提供）

参考文献

• 源代码：[***]
• 出版物：[***]
• 出版物类型：同行评审
• 出版年份：2020
• Ersilia贡献者：https://github.com/miquelduranfrigola

许可证

本软件包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82%E5%8C%85%E4%B8%AD%E5%8C%85%E5%90%AB%E7%9A%84%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%87%87%E7%94%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82

注意：Ersilia按原样提供模型访问，直接来自原作者。如果在研究中使用该模型，请参考原始代码库和/或出版物。

使用方法

要在本地使用此模型，需要安装https://github.com/ersilia-os/ersilia%E3%80%82

获取模型

使用以下命令从Ersilia模型中心获取模型：

bash
# 从Ersilia模型中心获取模型
ersilia fetch eos4e40

服务、运行和关闭模型

bash
# 启动模型服务
ersilia serve eos4e40
# 生成示例文件
ersilia example -n 3 -f my_input.csv
# 运行模型
ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv
# 关闭模型服务
ersilia close

关于Ersilia

Ersilia开源计划是一个科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。

如果发现此模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E5%A6%82%E6%9E%9C%E5%9C%A8%E8%BF%90%E8%A1%8C%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E6%97%B6%E9%81%87%E5%88%B0%E4%BB%BB%E4%BD%95%E9%97%AE%E9%A2%98%EF%BC%8C%E8%AF%B7%E9%9A%8F%E6%97%B6https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%E3%80%82

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