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Morgan指纹（ECFP4）生成工具，基于RDKit实现，采用半径3和2048维度，用于分子特征化，将化合物转换为2048维整数向量表示，适用于各类生物医学领域的分子表示任务。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ersiliaos仓库类型：镜像最近更新：5 个月前
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如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：
生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
Morgan指纹生成工具
镜像概述和主要用途
本Docker镜像提供Morgan指纹（扩展连接性指纹，ECFP4）生成功能，是广泛使用的分子表示方法。通过RDKit包实现，采用半径3和2048维度，可将化合物转换为2048维整数向量，用于分子特征化任务，支持各类生物医学研究场景。模型于2021-09-09整合，最后打包时间为2025-12-24。
核心功能和特性
- 基于RDKit实现：使用RDKit化学信息学包生成Morgan指纹
- 参数配置：固定半径3和2048维度
- 输入输出：接收单个化合物输入，输出2048维整数向量
- 架构支持：兼容AMD64和ARM64架构
- 批量处理：支持不同规模输入（10-***个化合物）的高效处理
使用场景和适用范围
- 任务类型：分子表示（Representation）中的特征化（Featurization）任务
- 应用领域：适用于任何生物医学领域和目标生物
- 典型用途：将分子结构转换为机器学习模型可接受的向量表示，用于药物发现、分子性质预测等研究
详细使用方法和配置说明
前提条件
需安装Ersilia CLI工具（https://github.com/ersilia-os/ersilia%EF%BC%89
模型获取与使用流程
bash# 从Ersilia模型中心获取模型 ersilia fetch eos5axz # 启动模型服务 ersilia serve eos5axz # 生成示例输入文件（3个化合物） ersilia example -n 3 -f my_input.csv # 运行模型，输入为my_input.csv，输出为my_output.csv ersilia run -i my_input.csv -o my_output.csv # 关闭模型服务 ersilia close
输入输出说明
输入
- 输入类型：化合物（Compound）
- 输入维度：1
输出
- 输出维度：2048
- 输出一致性：固定（Fixed）
- 解释：分子的向量表示
输出列示例（共2048列，显示前10列）
| 名称 | 类型 | 方向 | 描述 |
|---|---|---|---|
| dim_0000 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度0 |
| dim_0001 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度1 |
| dim_0002 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度2 |
| dim_0003 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度3 |
| dim_0004 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度4 |
| dim_0005 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度5 |
| dim_0006 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度6 |
| dim_0007 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度7 |
| dim_0008 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度8 |
| dim_0009 | 整数 | high | 半径3、2048位的Morgan计数指纹维度9 |
资源消耗
- 模型大小（Mb）：1
- 环境大小（Mb）：492
- 镜像大小（Mb）：510.12
计算性能（秒）
- 10个输入：27.08
- 100个输入：17.15
- ***个输入：45.23
部署信息
- 标识符：
- Ersilia标识符：
eos5axz - Slug：
morgan-counts
- Ersilia标识符：
- DockerHub：https://hub.docker.com/r/ersiliaos/eos5axz
- S3存储：[***]
- 源代码：https://github.com/rdkit/rdkit
许可证信息
- 本包采用https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/LICENSE%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81
- 包中模型采用BSD-3-Clause许可证
注意：Ersilia按"原样"提供模型访问，直接来自原始作者。使用模型时请参考原始代码仓库和/或出版物。
关于Ersilia
Ersilia开源计划是科技非营利组织，致力于推动全球南方的可持续研究。如发现模型有用，请https://github.com/ersilia-os/ersilia/blob/master/CITATION.cffErsilia%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E4%B8%AD%E5%BF%83%E3%80%82%E4%BD%BF%E7%94%A8%E4%B8%AD%E9%81%87%E5%88%B0%E9%97%AE%E9%A2%98%E8%AF%B7https://github.com/ersilia-os/ersilia/issues%EF%BC%8C%E4%B9%9F%E5%8F%AF%E9%80%9A%E8%BF%87***%E6%94%AF%E6%8C%81Ersilia%E7%9A%84%E4%BD%BF%E5%91%BD%E3%80%82
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ersiliaos/eos5axz:<标签>
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