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自动构建
OSG-RMTA是优化用于Open Science Grid的读映射与转录组组装工作流，支持处理RNA-seq数据（FASTQ/SRA），通过HiSat2/Stringtie进行基因组引导组装或Salmon定量，适用于大规模科学研究。
下载次数: 0状态：自动构建维护者：evolinc仓库类型：镜像最近更新：6 年前
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OSG-RMTA：基于Open Science Grid和CyVerse的读映射与转录组组装工作流
概述
OSG-RMTA是针对Open Science Grid（OSG）优化的RMTA工作流，用于快速处理RNA-seq数据，支持基因组引导的读映射与转录组组装，以及转录组引导的定量分析。它可通过CyVerse的Discovery Environment（DE）图形界面或OSG命令行运行，适用于大规模科学研究场景。
核心功能
- 数据处理支持：兼容FASTQ（单端/双端）、NCBI SRA ID（单个或批量列表）等输入格式。
- 基因组引导分析：使用HiSat2将读段映射到参考基因组，再通过Stringtie完成转录本组装。
- 转录组引导定量：利用Salmon对准参考转录组并计算转录本丰度，生成可直接用于差异表达分析的quant.sf文件（注：此方式无法识别新基因或用于基因组浏览器可视化）。
- 分布式计算：借助OSG的分布式资源突破CyVerse DE的并发任务限制，高效处理大规模数据集。
使用场景
- 需处理数千个RNA-seq样本的大规模研究项目。
- 缺乏本地高性能计算资源，希望通过图形界面或命令行开展生物信息学分析。
- 快速获取转录本丰度数据以进行差异表达分析。
配置说明
基因组引导分析最小输入
- 参考基因组（FASTA格式）或HiSat2索引的参考基因组（存于子目录）。
- RNA-seq读段（FASTQ格式）或NCBI SRA ID列表（单列文本文件）。
转录组引导分析最小输入
- 参考转录组（FASTA格式）。
- RNA-seq读段（FASTQ格式）或NCBI SRA ID列表（单列文本文件）。
可用性
CyVerse Discovery Environment使用
OSG-RMTA-v2.6.3已集成到CyVerse DE，免费供研究人员使用。需注册CyVerse账户（[] wiki（[]
OSG平台使用
需注册OSG账户（[***]
问题反馈
若遇到问题，可在GitHub仓库（https://github.com/Evolinc/OSG-RMTA.git%EF%BC%89%E6%8F%90%E4%BA%A4issue%EF%BC%8C%E6%88%96%E5%9C%A8Google Groups（[***]
版权说明
本仓库源码采用MIT协议，版权免费，可自由使用。 ===FULL_DESC===
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull evolinc/osg-rmta:<标签>
镜像拉取常见问题
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