evolinc/rmta

RMTA：Read Mapping and Transcript Assembly工作流

概述

RMTA是一个快速处理RNA-seq illumina原始数据的工作流，支持通过HiSat2将reads映射到基因组，再用Stringtie组装转录本；也可通过Salmon直接对转录组进行准映射和表达量化。该工作流兼容单端/双端FASTQ文件及NCBI SRA数据，适用于基因组引导或转录组引导的分析场景。

核心功能

1. 数据输入支持：单端/双端FASTQ文件、NCBI SRA ID（单个或批量）；
2. 基因组引导分析：HiSat2映射reads到基因组 + Stringtie组装转录本；
3. 转录组引导分析：Salmon准映射reads到转录组并量化表达；
4. 质量控制：可选Fastqc进行数据质量检测；
5. 参数定制：支持线程数、修剪长度、 intron长度范围、表达阈值过滤等配置。

使用场景

• 基因组引导的转录本组装与表达分析（可识别新基因）；
• 转录组引导的快速差异表达测试；
• RNA-seq数据的标准化处理与结果输出（如BAM、quant.sf文件）。

配置说明

命令行参数

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull evolinc/rmta:2.6.3

查看帮助

bash
docker run evolinc/rmta:2.6.3 -h

双端FASTQ文件分析（启用Fastqc）

bash
docker run --rm -v $PWD:/data -w /data evolinc/rmta:2.6.3 -g \
genome_chr1.fa -A annotation_chr1.gtf -l "US" -n 0 -y "PE" -1 \
SRR2037320_R1.fastq.gz -1 SRR2932454_R1.fastq.gz -2 \
SRR2037320_R2.fastq.gz -2 SRR2932454_R2.fastq.gz -O final_out -p 6 \
-5 0 -3 0 -m 20 -M 50000 -t -e -u "exon" -a "gene_id" -n 0 -f 1 -k 1

SRA ID分析（单端数据）

bash
docker run --rm -v $PWD:/data -w /data evolinc/rmta:2.6.3 -g genome_chr1.fa -A  \
annotation_chr1.gtf -l "US" -s "SRR2037320" -y "SE" \
-O final_out -p 6 -5 0 -3 0 -m 20 -M 50000 -t -e -u "exon" -a "gene_id" -n 0 -f 1 -k 1

转录组引导分析（Salmon）

bash
docker run --rm -v $PWD:/data -w /data evolinc/rmta:2.6.3 -r athal.fa.gz -s SRR2037320 -y "PE" -e -O RMTA_out -p 6

其他部署方式

Singularity（HPC环境）

替换Docker命令为Singularity格式：

bash
singularity run docker://evolinc/rmta:2.6.3 -r athal.fa.gz -s SRR2037320 -y "PE" -e -O final_out -p 6

CyVerse Discovery Environment

RMTA v2.6.2已集成到CyVerse DE平台，可免费使用，教程见CyVerse wiki。

问题反馈

若使用中遇到问题，可在https://github.com/Evolinc/RMTA%E6%8F%90%E4%BA%A4issue%EF%BC%8C%E6%88%96%E5%9C%A8Google Groups发布查询。

版权说明

本仓库源码基于MIT协议开源，可自由使用。完整协议见MIT License。