evolinc/evolinc-i

EVOLINC-I：快速识别长基因间非编码RNA（lincRNA）的流程

概述

Evolinc-I是一个长基因间非编码RNA（lincRNA）识别工作流，同时支持已识别lincRNA的基因组浏览器可视化及下游差异基因表达分析。

核心功能

1. 高效识别长基因间非编码RNA（lincRNA）
2. 提供lincRNA的基因组浏览器可视化支持
3. 辅助下游差异基因表达分析

使用场景

适用于生物信息学研究中，对转录组数据进行lincRNA识别与功能分析的场景，支持本地Docker运行或CyVerse平台在线使用。

配置说明

输入数据要求

• 必需输入：
  1. Cuffmerge或Cuffcompare生成的转录本集合（GTF格式）
  2. 参考基因组（FASTA格式）
  3. 参考基因组注释（GFF/GTF/GFF3格式）
• 可选输入：
  1. 转座元件数据库（FASTA格式）
  2. 已知lincRNA（GFF格式）
  3. 转录起始位点坐标（BED格式）

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull evolinc/evolinc-i:1.7.5

查看帮助信息

bash
docker run evolinc/evolinc-i:1.7.5 -h

下载示例数据

bash
git clone https://github.com/Evolinc/Evolinc-I.git
cd Evolinc-I/sample_data

使用必需文件运行

bash
docker run --rm -v $(pwd):/working-dir -w /working-dir evolinc/evolinc-i:1.7.5 -c Sample_cuffcompare_out.gtf -g TAIR10_chr1.fasta -u TAIR10_chr1_genes.gff -o test_out -n 4

使用必需及可选文件运行

bash
docker run --rm -v $(pwd):/working-dir -w /working-dir evolinc/evolinc-i:1.7.5 -c Sample_cuffcompare_out.gtf -g TAIR10_chr1.fasta -u TAIR10_chr1_genes.gff -b TE_RNA_transcripts.fa -t Sample_TSS_data.gff -x Sample_known_lncRNAs.gff -o test_out -n 4

CyVerse平台使用

Evolinc-I应用已集成到CyVerse的Discovery Environment（DE）中，研究人员可免费使用。完整教程见CyVerse wiki。

问题反馈

若使用过程中遇到问题，请在GitHub仓库提交issue，或在Google群组发布查询。

版权

本仓库源代码遵循MIT许可证，无版权限制。

引用

若在研究中使用本工具，请引用：
Andrew D. Nelson*, Upendra K. Devisetty*, Kyle Palos, Asher K. Haug-Baltzell, Eric Lyons, Mark A. Beilstein (2017). "Evolinc: a comparative transcriptomics and genomics pipeline for quickly identifying sequence conserved lincRNAs for functional analysis". Frontiers in Genetics. 1(10)