BUSCO - 通用单拷贝直系同源基因集基准测试工具

镜像概述和主要用途

BUSCO（Benchmarking sets of Universal Single-Copy Orthologs）是一款用于基准测试通用单拷贝直系同源基因集的工具，广泛应用于基因组组装、转录组组装及基因注释的质量评估。本镜像提供v4版本，采用明确的版本控制策略，无busco:latest标签，使用时需指定具体版本（建议查看镜像的"Tags"部分选择合适版本）。

***文档：BUSCO用户指南
源代码：busco_biocontainer

核心功能和特性

• 基准测试：通过检测基因组或转录组中通用单拷贝直系同源基因的完整性，评估组装或注释质量
• 通用性：支持多种生物类群的直系同源基因集数据库
• 标准化评估：提供量化指标（如完整率、重复率、缺失率），便于结果比较
• 版本控制：采用明确版本标记，确保分析可重复性

使用场景和适用范围

• 基因组组装质量评估
• 转录组组装完整性检测
• 基因注释结果的准确性验证
• 比较基因组学研究中的数据集质量控制

使用方法和配置说明

版本选择

由于镜像无latest标签，使用前需通过镜像仓库的"Tags"部分确认可用版本（如v4.5.6），并在命令中指定具体版本。

基本使用命令

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data ezlabgva/busco:<具体版本> busco [选项]

• --rm：容器运行结束后自动删除
• -v /本地数据目录:/data：挂载本地数据目录到容器内/data路径，用于输入输出文件交互
• ezlabgva/busco:<具体版本>：指定BUSCO镜像及版本
• busco [选项]：BUSCO工具的具体运行参数（详见***用户指南）

详细配置说明

BUSCO的具体配置参数（如数据库选择、输入文件类型、输出目录设置等）需参考***用户指南，根据实际分析需求进行调整。镜像已预配置工具运行环境，无需额外安装依赖。