热门搜索:

flomicsbiotech/lifebitsarscov2

flomicsbiotech

基于Nextflow构建的SARS-CoV-2诊断工作流程，使用Docker容器确保安装简单且结果高度可重复，可处理扩增子或宏基因组样本，生成病毒分类学结果及总结图表。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：flomicsbiotech仓库类型：镜像最近更新：5 年前

轩辕镜像，让镜像更快，让人生更轻。点击查看

中文简介

标签下载

镜像标签列表与下载命令

轩辕镜像，让镜像更快，让人生更轻。点击查看

Flomics/SARSCoV2

SARS-CoV-2诊断工作流程

![Nextflow]([***]

概述

本流程基于Nextflow构建，这是一款可在多种计算基础设施上以高度可移植方式运行任务的工作流工具。流程配备Docker容器，使安装过程简单易行，且结果具有高度可重复性。主要用于处理病毒和人类的扩增子或宏基因组样本，在物种水平进行分类学分析，生成饼图和表格以总结样本内容，主要设计用于SARS-CoV-2诊断。

核心功能与特性

高可移植性：基于Nextflow构建，可在多种计算环境中运行
结果可重复性：使用Docker容器确保分析环境一致性
样本兼容性：支持扩增子和宏基因组样本输入
分类学分析：在物种水平生成病毒分类学结果
可视化输出：生成饼图和表格等总结性可视化报告
多种试剂盒支持：兼容artic_v1、artic_v2、artic_v3、qiagen和swiftbio等扩增子试剂盒

使用场景与适用范围

SARS-CoV-2病毒诊断分析
病毒和人类样本的分类学组成分析
需要高度可重复结果的病毒检测实验
使用扩增子或宏基因组测序技术的实验室

使用方法与配置说明

快速开始

1. 安装依赖工具

安装nextflow
安装Docker或Singularity以确保完整的流程可重复性（仅在万不得已时使用Conda）

2. 下载流程并使用最小数据集测试

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile test,<docker/singularity/conda/institute>

3. 运行自定义分析

单端数据运行命令（需指定fastq文件和使用的扩增子试剂盒）：

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/institute> --fastq1 '<样本名>.fastq.gz' --ampliseq_kit_type <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio>

双端数据运行命令：

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/institute> --fastq1 '<样本名>_R1.fastq.gz' --fastq2 '<样本名>_R2.fastq.gz' --ampliseq_kit_type <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio>

主要配置参数说明

参数	描述	必需	有效值
`--fastq1`	单端数据或双端数据的R1端fastq文件路径	是	以.gz结尾的fastq文件路径
`--fastq2`	双端数据的R2端fastq文件路径	否（双端数据时必需）	以.gz结尾的fastq文件路径
`--ampliseq_kit_type`	使用的扩增子试剂盒类型	是	artic_v1, artic_v2, artic_v3, qiagen, swiftbio
`-profile`	运行配置文件	是	docker, singularity, conda, institute（指定计算环境）

文档

Flomics/SARSCoV2流程提供以下文档，位于docs/目录：

运行流程
输出结果及解释

credits

Flomics/SARSCoV2最初由Flomics生物信息学团队（Marta Pozuelo、Lluc Cabús和Joao Curado）编写。

贡献与支持

如希望为该流程贡献代码，请参阅贡献指南。

如需进一步信息或帮助，请通过邮件联系我们。

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 lifebitsarscov2 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/flomicsbiotech/lifebitsarscov2:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull flomicsbiotech/lifebitsarscov2:<标签>

轩辕镜像配置手册

探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式

Docker 配置

登录仓库拉取

通过 Docker 登录认证访问私有仓库

专属域名拉取

无需登录使用专属域名

K8s Containerd

Kubernetes 集群配置 Containerd

K3s

K3s 轻量级 Kubernetes 镜像加速

Dev Containers

VS Code Dev Containers 配置

Podman

Podman 容器引擎配置

Singularity/Apptainer

HPC 科学计算容器配置

其他仓库配置

ghcr、Quay、nvcr 等镜像仓库

Harbor 镜像源配置

Harbor Proxy Repository 对接专属域名

Portainer 镜像源配置

Portainer Registries 加速拉取

Nexus 镜像源配置

Nexus3 Docker Proxy 内网缓存

系统配置

Linux

在 Linux 系统配置镜像服务

Windows/Mac

在 Docker Desktop 配置镜像

MacOS OrbStack

MacOS OrbStack 容器配置

Docker Compose

Docker Compose 项目配置

NAS 设备

群晖

Synology 群晖 NAS 配置

飞牛

飞牛 fnOS 系统配置镜像

绿联

绿联 NAS 系统配置镜像

威联通

QNAP 威联通 NAS 配置

极空间

极空间 NAS 系统配置服务

网络设备

爱快路由

爱快 iKuai 路由系统配置

宝塔面板

在宝塔面板一键配置镜像

需要其他帮助？请查看我们的常见问题Docker 镜像访问常见问题解答或提交工单

镜像拉取常见问题

使用与功能问题

配置了专属域名后，docker search 为什么会报错？

docker search 限制

Docker Hub 上有的镜像，为什么在轩辕镜像网站搜不到？

站内搜不到镜像

机器不能直连外网时，怎么用 docker save / load 迁镜像？

离线 save/load

docker pull 拉插件报错（plugin v1+json）怎么办？

插件要用 plugin install

WSL 里 Docker 拉镜像特别慢，怎么排查和优化？

WSL 拉取慢

轩辕镜像安全吗？如何用 digest 校验镜像没被篡改？

安全与 digest

第一次用轩辕镜像拉 Docker 镜像，要怎么登录和配置？

新手拉取配置

轩辕镜像合规吗？轩辕镜像的合规是怎么做的？

镜像合规机制

轩辕镜像支持 docker push 上传本地镜像吗？

不支持 push

错误码与失败问题

docker pull 提示 manifest unknown 怎么办？

manifest unknown

docker pull 提示 no matching manifest 怎么办？

no matching manifest（架构）

镜像已拉取完成，却提示 invalid tar header 或 failed to register layer 怎么办？

invalid tar header（解压）

Docker pull 时 HTTPS / TLS 证书验证失败怎么办？

TLS 证书失败

Docker pull 时 DNS 解析超时或连不上仓库怎么办？

DNS 超时

docker 无法连接轩辕镜像域名怎么办？

域名连通性排查

Docker 拉取出现 410 Gone 怎么办？

410 Gone 排查

出现 402 或「流量用尽」提示怎么办？

402 与流量用尽

Docker 拉取提示 UNAUTHORIZED（401）怎么办？

401 认证失败

遇到 429 Too Many Requests（请求太频繁）怎么办？

429 限流

docker login 提示 Cannot autolaunch D-Bus，还算登录成功吗？

D-Bus 凭证提示

为什么会出现「单层超过 20GB」或 413，无法加速拉取？

413 与超大单层

账号 / 计费 / 权限

轩辕镜像免费版和专业版有什么区别？

免费版与专业版区别

轩辕镜像支持哪些 Docker 镜像仓库？

支持的镜像仓库

镜像拉取失败还会不会扣流量？

失败是否计费

麒麟 V10 / 统信 UOS 提示 KYSEC 权限不够怎么办？

KYSEC 拦截脚本

如何在轩辕镜像申请开具发票？

申请开票

怎么修改轩辕镜像的网站登录和仓库登录密码？

修改登录密码

如何注销轩辕镜像账户？要注意什么？

注销账户

配置与原理类

写了 registry-mirrors，为什么还是走官方或仍然报错？

mirrors 不生效

怎么用 docker tag 去掉镜像名里的轩辕域名前缀？

去掉域名前缀

如何拉取指定 CPU 架构的镜像（如 ARM64、AMD64）？

指定架构拉取

用轩辕镜像拉镜像时快时慢，常见原因有哪些？

拉取速度原因

为什么拉取镜像的 :latest 标签，拿到的往往不是「最新」镜像？

latest 与「最新」

查看全部问题→

用户好评

来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务

oldzhang

运维工程师

Linux服务器

"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"