flomicsbiotech/sarscov2

Flomics/SARSCoV2 Docker镜像文档

镜像概述

Flomics/SARSCoV2是基于Nextflow构建的SARS-CoV-2诊断工作流Docker镜像。该工作流支持在多种计算基础设施上运行，通过容器化技术简化安装流程并确保分析结果的高度可重复性。主要用于处理扩增子或宏基因组样本，实现病毒和人类样本的物种水平分类学分析，生成汇总图表和表格。

核心功能与特性

• 基于Nextflow框架：支持跨多种计算环境的可移植工作流执行
• 容器化部署：通过Docker确保环境一致性和结果可重复性
• 多样本类型支持：兼容扩增子（amplicon）和宏基因组（metagenomic）样本
• 多种试剂盒兼容：支持artic_v1、artic_v2、artic_v3、qiagen、swiftbio等试剂盒
• 灵活的数据库配置：支持使用压缩（.tar.gz）或未压缩的Kraken2数据库
• 结果可视化：生成物种组成饼图及汇总表格

使用场景

• SARS-CoV-2病毒诊断与检测
• 扩增子/宏基因组样本的病毒分类学分析
• 需要高度可重复结果的病毒学研究

快速开始

前提条件

1. 安装Nextflow
2. 安装Docker或Singularity（推荐，确保完全可重复性）；仅在必要时使用Conda

测试运行

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile test,<docker/singularity/conda/institute>

正式运行

基础命令

需提供包含样本信息的CSV样本表（格式：sample,fastq_1,fastq_2），指定实验协议及试剂盒（仅扩增子协议需要）：

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/institute> \
  --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \
  --protocol <amplicon/metagenomic> \
  --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio>

使用压缩数据库

指定压缩的Kraken2数据库文件路径：

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/awsbatch> \
  --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \
  --protocol <amplicon/metagenomic> \
  --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio> \
  --kraken2_db 'path/to/database/database.tar.gz'

使用未压缩数据库

指定未压缩的Kraken2数据库文件夹路径：

bash
nextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/awsbatch> \
  --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \
  --protocol <amplicon/metagenomic> \
  --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio> \
  --kraken2_db 'path/to/database'

参数说明

文档与支持

完整文档位于镜像的docs/目录，包含：

• 运行指南
• 输出结果解释

credits

Flomics/SARSCoV2由Flomics生物信息学团队（Marta Pozuelo、Lluc Cabús和Joao Curado）开发。

贡献与支持

如需贡献代码，请参阅贡献指南。
如需帮助或获取更多信息，请联系：***