flomicsbiotech/sarscov2
flomicsbiotech
用于SARS-CoV-2诊断的Nextflow工作流Docker镜像，支持扩增子和宏基因组样本分析，通过容器化确保安装简单和结果可重复，可生成物种水平分类学结果及汇总图表。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：flomicsbiotech仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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Flomics/SARSCoV2 Docker镜像文档
镜像概述
Flomics/SARSCoV2是基于Nextflow构建的SARS-CoV-2诊断工作流Docker镜像。该工作流支持在多种计算基础设施上运行，通过容器化技术简化安装流程并确保分析结果的高度可重复性。主要用于处理扩增子或宏基因组样本，实现病毒和人类样本的物种水平分类学分析，生成汇总图表和表格。
核心功能与特性
- 基于Nextflow框架：支持跨多种计算环境的可移植工作流执行
- 容器化部署：通过Docker确保环境一致性和结果可重复性
- 多样本类型支持：兼容扩增子（amplicon）和宏基因组（metagenomic）样本
- 多种试剂盒兼容：支持artic_v1、artic_v2、artic_v3、qiagen、swiftbio等试剂盒
- 灵活的数据库配置：支持使用压缩（.tar.gz）或未压缩的Kraken2数据库
- 结果可视化：生成物种组成饼图及汇总表格
使用场景
- SARS-CoV-2病毒诊断与检测
- 扩增子/宏基因组样本的病毒分类学分析
- 需要高度可重复结果的病毒学研究
快速开始
前提条件
- 安装https://nf-co.re/usage/installation
- 安装https://docs.docker.com/engine/installation/%E6%88%96https://www.sylabs.io/guides/3.0/user-guide/%EF%BC%88%E6%8E%A8%E8%8D%90%EF%BC%8C%E7%A1%AE%E4%BF%9D%E5%AE%8C%E5%85%A8%E5%8F%AF%E9%87%8D%E5%A4%8D%E6%80%A7%EF%BC%89%EF%BC%9B%E4%BB%85%E5%9C%A8%E5%BF%85%E8%A6%81%E6%97%B6%E4%BD%BF%E7%94%A8https://conda.io/miniconda.html
测试运行
bashnextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile test,<docker/singularity/conda/institute>
正式运行
基础命令
需提供包含样本信息的CSV样本表（格式：sample,fastq_1,fastq_2），指定实验协议及试剂盒（仅扩增子协议需要）：
bashnextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/institute> \ --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \ --protocol <amplicon/metagenomic> \ --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio>
使用压缩数据库
指定压缩的Kraken2数据库文件路径：
bashnextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/awsbatch> \ --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \ --protocol <amplicon/metagenomic> \ --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio> \ --kraken2_db 'path/to/database/database.tar.gz'
使用未压缩数据库
指定未压缩的Kraken2数据库文件夹路径：
bashnextflow run Flomics/SARSCoV2 -profile <docker/singularity/conda/awsbatch> \ --input 'path/to/samplesheet/samplesheet.csv' \ --protocol <amplicon/metagenomic> \ --kit <artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio> \ --kraken2_db 'path/to/database'
参数说明
| 参数 | 描述 | 必需 |
|---|---|---|
--input | 样本表CSV文件路径，包含sample,fastq_1,fastq_2列 | 是 |
--protocol | 实验协议类型，可选值：amplicon/metagenomic | 是 |
--kit | 试剂盒类型（仅amplicon协议需要），可选值：artic_v1/artic_v2/artic_v3/qiagen/swiftbio | 是（amplicon协议） |
--kraken2_db | Kraken2数据库路径（压缩文件或文件夹） | 否 |
-profile | 运行配置文件，指定容器类型（docker/singularity/conda）或机构配置 | 是 |
文档与支持
完整文档位于镜像的docs/目录，包含：
- 运行指南
- 输出结果解释
credits
Flomics/SARSCoV2由Flomics生物信息学团队（Marta Pozuelo、Lluc Cabús和Joao Curado）开发。
贡献与支持
如需贡献代码，请参阅贡献指南。
如需帮助或获取更多信息，请联系：***
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sarscov2 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/flomicsbiotech/sarscov2:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull flomicsbiotech/sarscov2:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"